conda 基本操作01

 

001、列出环境

(base) [root@pc1 home]# conda env list          ## 列出环境
# conda environments:
#
base                  *  /root/anaconda3

(base) [root@pc1 home]# conda info --env        ## 列出环境
# conda environments:
#
base                  *  /root/anaconda3

 

002、创建环境

a、

(base) [root@pc1 home]# conda create -n py3.7 python=3.7    ## 创建环境

 

b、

(base) [root@pc1 home]# conda create -n py3.11 python=3.11    ## 创建环境

 

003、进入环境

(base) [root@pc1 home]# conda env list               ## 列出环境
# conda environments:
#
base                  *  /root/anaconda3
py3.11                   /root/anaconda3/envs/py3.11
py3.7                    /root/anaconda3/envs/py3.7

(base) [root@pc1 home]# conda activate py3.11       ## 进入环境
(py3.11) [root@pc1 home]# python --version          ## 验证python版本
Python 3.11.5

 

004、退出环境

(py3.11) [root@pc1 home]# conda env list            ## 查看环境
# conda environments:
#
base                     /root/anaconda3
py3.11                *  /root/anaconda3/envs/py3.11
py3.7                    /root/anaconda3/envs/py3.7

(py3.11) [root@pc1 home]# conda deactivate          ## 退出环境
(base) [root@pc1 home]#

 

005、删除环境

(base) [root@pc1 home]# conda env list      ## 列出环境
# conda environments:
#
base                  *  /root/anaconda3
py3.11                   /root/anaconda3/envs/py3.11
py3.7                    /root/anaconda3/envs/py3.7

(base) [root@pc1 home]# conda remove -n py3.11 --all      ## 删除环境

(base) [root@pc1 home]# conda env list                     ## 列出环境
# conda environments:
#
base * /root/anaconda3
py3.7 /root/anaconda3/envs/py3.7

 

 

006、安装软件以及测试

a、安装软件

(base) [root@pc1 test01]# conda info --env               ## 列出环境
# conda environments:
#
base                  *  /root/anaconda3
py3.10                   /root/anaconda3/envs/py3.10
py3.7                    /root/anaconda3/envs/py3.7
py3.9                    /root/anaconda3/envs/py3.9

(base) [root@pc1 test01]# conda activate py3.10           ## 进入一个环境
(py3.10) [root@pc1 test01]# conda install bwa -c bioconda     ## 安装bwa软件

 

b、测试软件

(py3.10) [root@pc1 test01]# bwa              ## 可以直接调用

Program: bwa (alignment via Burrows-Wheeler transformation)
Version: 0.7.17-r1188
Contact: Heng Li <lh3@sanger.ac.uk>

Usage:   bwa <command> [options]

 

c、退出conda环境，测试软件

(py3.10) [root@pc1 test01]# conda deactivate       ## 退出py3.10
(base) [root@pc1 test01]# bwa                      ## 基础环境，无法直接调用bwa
bash: bwa: command not found...

 

d、卸载软件

(base) [root@pc1 test01]# conda activate py3.10      ## 进入py3.10
(py3.10) [root@pc1 test01]# conda remove bwa         ## 删除bwa
(py3.10) [root@pc1 test01]# bwa                      ## 测试
bash: bwa: command not found...

 

。