泛基因组中核心序列和可变序列

 

001、基本分类

 

 

01、为什么核心基因不是100%？

核心基因从概念上讲是所有个体中都存在的基因，但是实际的测序过程中难以保证所有个体的每个DNA片段都有很好的测序质量，

为了避免这种少部分个体部分片段未测出，遗漏核心基因的统计和分类，使用一个比例范围更可取。

 

02、为什么要有cloud 这个分类？

cloud 则可能是个别个体基因组意外获得的外源基因，或者是来自于该个体基因组异常装配或者是外源污染。（这类基因不可靠，shell才能代表可靠的可变基因？）

 

03、核心基因和可变基因的功能？

核心基因通常是：与生物基本的生物功能相关，主要是持家基因。

可变基因通常是：与生物特定的环境适应、耐受性、特有的生物学特性相关，具有较低的进化约束和基因表达水平。

 

04、可变基因（序列）的来源：

原核生物：序列重复、近缘物种渗入、基因从头诞生、水平基因转移等。

真核生物： 基因或者序列的丢失、渗入、水平基因转移。

 

 

 

002、核心序列和可变序列的特征

 

reference：

[1]边培培,张禹,姜雨.泛基因组:高质量参考基因组的新标准[J].遗传, 2021, 43(11):15.DOI:10.16288/j.yczz.21-214.