泛基因组组装方法分类

 

001、整体分类

 

 

 

 

002、各自特征

01、迭代组装； 个体测序数据和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列，组装为contig，和参考基因组合并构成泛基因组。（依赖参考基因组）

 

02、map-to-pan； 个体测序数据组装成contig，然后和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列， 和参考基因组合并构成泛基因组。（依赖参考基因组）

 

03、多个体 denovo；每个个体先组装为基因组，然后相互比对，获取非冗余的泛基因组。（不依赖参考基因组）

 

04、图形泛基因组；以参考基因组为框架，将其他个体材料基因组序列与之比对，存在差异的地方构成不同的分支，并随着新序列的加入不断扩展变化，最终构建出一个包含全部变异信息的复杂图形结构（依赖参考基因组？）

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