blast软件比对库nr、nt库的下载、构建索引、序列比对
001、
002、
003、
004、
005、
006、
007、
链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
。
nt
为核酸数据库,nr
为蛋白质数据库
008、使用命令行下载
a、
[root@PC1 test02]# wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz [root@PC1 test02]# wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz
b、解压
[root@PC1 test02]# gunzip nr.gz
[root@PC1 test02]# gunzip nt.gz
c、创建nr/nt数据库目录
[root@PC1 test02]# mkdir nr_db nt_db
d、构建nr/nt数据库
[root@PC1 test02]# makeblastdb -in nr -dbtype prot -title my_nr -parse_seqids -out ./nr_db/nr -logfile make_nr.log [root@PC1 test02]# makeblastdb -in nt -dbtype nucl -title my_nt -parse_seqids -out ./nt_db/nt -logfile make_nt.log
008、测试fastq文件的下载(用于生成进行比对的fasta格式数据)
wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-zq-18/ERR007/7959/ERR7959948/ERR7959948.lite.1
fastq-dump --split-files ERR7959948.lite.1
009、生成进行比对的测试的fasta格式数据
cat ERR7959948.lite.1_1.fastq | head -n 20000 | awk '{if(NR%4==1){print ">"$1}else if(NR%4==2){print $0}}'|sed 's/@//g' > myfile.fa
010、
参考:
001、https://www.jianshu.com/p/c4b6723fd786
002、https://blog.csdn.net/qq_42962326/article/details/105081327
003、