根据SRA号和参考基因组统计测序的X数

 

以SRR1770413 为例：

 

001、测序的碱基数目

 

 测序碱基数目为：387.2M。

 

002、参考基因组的大小

 

a、下载参考基因组，并统计基因组的大小

[root@PC1 test01]# ls
GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz
[root@PC1 test01]# zcat GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz | grep -v "^>" | awk '{sum += length($0)} END {print sum}'
4641652

 

003、计算测序X

 测序量除以基因组的大小等于平均的测序X。

[root@PC1 test01]# awk 'BEGIN{print 387.2/4.64}'
83.4483

 

。