vcftools中 --max-missing 参数

 

--max-missing 参数表示：最大的丢失率不超过 1-xxxx。

(base) [root@PC1 test]# ls
outcome.map  outcome.ped  outcome.vcf
(base) [root@PC1 test]# cat outcome.map
1       snp1    0       55910
1       snp2    0       85204
1       snp3    0       122948
1       snp4    0       203750
1       snp5    0       312707
(base) [root@PC1 test]# cat outcome.ped
DOR     1       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     A G
DOR     2       0       0       0       -9      G G     G C     0 0     G G     G G
DOR     3       0       0       0       -9      G G     C C     0 0     G G     G G
DOR     4       0       0       0       -9      G G     0 0     0 0     G G     G G
DOR     5       0       0       0       -9      0 0     0 0     0 0     G G     G G
DOR     6       0       0       0       -9      0 0     0 0     0 0     G G     G G
(base) [root@PC1 test]# vcftools --vcf outcome.vcf --max-missing 0.9 --plink  --out test &> /dev/null
(base) [root@PC1 test]# ls                              ## 最大丢失率不超过1-0.9
outcome.map  outcome.ped  outcome.vcf  test.map  test.ped
(base) [root@PC1 test]# cat test.map
1       snp4    0       203750
1       snp5    0       312707