python 中 pyfaidx 模块统计fasta文件每一条染色体的长度
001、python版本 和 pip版本
a、python版本
[root@PC1 pip]# python --version Python 3.11.3
b、pip版本
[root@PC1 Python-3.11.3]# pip --version pip 23.1.2 from /usr/local/lib/python3.11/site-packages/pip (python 3.11)
002、利用 pip安装 pyfaidx 模块
[root@PC1 Python-3.11.3]# pip install pyfaidx
003、利用pyfaidx统计染色体的长度
[root@PC1 test]# ls a.fa [root@PC1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattcc gg >chr2 gg >chr3 ggcc >chr4 ggcctt aacccc tt [root@PC1 test]# faidx a.fa -i chromsizes ## 统计每一条scaffold的长度 chr1 8 chr2 2 chr3 4 chr4 14