plink 软件中 --recode 12 选项

 

测试plink 软件中 --recode 12 做了什么。

 

001、首选看一下plink格式的测试数据

[root@PC1 test01]# ls
outcome.map  outcome.ped
[root@PC1 test01]# cat outcome.map     ## 一共5个位点
1       snp1    0       55910
1       snp2    0       85204
1       snp3    0       122948
1       snp4    0       203750
1       snp5    0       312707
[root@PC1 test01]# cat outcome.ped       ## 基因型数据
DOR     DOR1    0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     A G
DOR     DOR2    0       0       0       -9      G G     G C     G G     G G     A G
DOR     DOR3    0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     A G
DOR     DOR4    0       0       0       -9      G G     C C     G G     0 0     A G
DOR     DOR5    0       0       0       -9      G G     C C     G G     C C     A G
GMM     GMM1    0       0       0       -9      A G     G C     G G     0 0     A G

 

 

 

002、下面看测试结果

[root@PC1 test01]# ls
outcome.map  outcome.ped
[root@PC1 test01]# cat outcome.map
1       snp1    0       55910
1       snp2    0       85204
1       snp3    0       122948
1       snp4    0       203750
1       snp5    0       312707
[root@PC1 test01]# cat outcome.ped
DOR     DOR1    0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     A G
DOR     DOR2    0       0       0       -9      G G     G C     G G     G G     A G
DOR     DOR3    0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     A G
DOR     DOR4    0       0       0       -9      G G     C C     G G     0 0     A G
DOR     DOR5    0       0       0       -9      G G     C C     G G     C C     A G
GMM     GMM1    0       0       0       -9      A G     G C     G G     0 0     A G
[root@PC1 test01]# plink --file outcome --recode 12 tab --out test 1> /dev/null  ## 转换命令，其中tab的作用是将输出的间隔指定为tab
[root@PC1 test01]# ls
outcome.map  outcome.ped  test.log  test.map  test.nosex  test.ped
[root@PC1 test01]# cat test.ped
DOR     DOR1    0       0       0       -9      2 2     2 2     2 2     2 2     1 2
DOR     DOR2    0       0       0       -9      2 2     1 2     2 2     2 2     1 2
DOR     DOR3    0       0       0       -9      2 2     2 2     2 2     2 2     1 2
DOR     DOR4    0       0       0       -9      2 2     2 2     2 2     0 0     1 2
DOR     DOR5    0       0       0       -9      2 2     2 2     2 2     1 1     1 2
GMM     GMM1    0       0       0       -9      1 2     1 2     2 2     0 0     1 2

1>  /dev/null : 意思是使标准正确输出导入/dev/null, 避免其在屏幕上显示。

 

第一个位点：次等位基因转换为了1， 主等位基因转换为了2.

第二个位点：次等位基因转换为了1， 主等位基因转换为了2.

第三个位点：如果仅存在一个碱基，则被认为是主等位基因，全部转换为2,

第四个位点： 存在缺失的情况，此等位基因依然是1，主等位基因为2，缺失则仍然是0.

第五个位点：如果碱基各半的情况，则一个碱基为1，另一个基因为2.

 

小结：

       plink中   --recode 12的命令的作用：

　　将此等位基因转换为1， 将主等位基因转换为2，如果缺失则依然为0，如果碱基各半，则一个为1，一个为2.