plink 软件中 --recode 12 选项
测试plink 软件中 --recode 12 做了什么。
001、首选看一下plink格式的测试数据
[root@PC1 test01]# ls outcome.map outcome.ped [root@PC1 test01]# cat outcome.map ## 一共5个位点 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 1 snp4 0 203750 1 snp5 0 312707 [root@PC1 test01]# cat outcome.ped ## 基因型数据 DOR DOR1 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G DOR DOR2 0 0 0 -9 G G G C G G G G A G DOR DOR3 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G DOR DOR4 0 0 0 -9 G G C C G G 0 0 A G DOR DOR5 0 0 0 -9 G G C C G G C C A G GMM GMM1 0 0 0 -9 A G G C G G 0 0 A G
002、下面看测试结果
[root@PC1 test01]# ls outcome.map outcome.ped [root@PC1 test01]# cat outcome.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 1 snp4 0 203750 1 snp5 0 312707 [root@PC1 test01]# cat outcome.ped DOR DOR1 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G DOR DOR2 0 0 0 -9 G G G C G G G G A G DOR DOR3 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G DOR DOR4 0 0 0 -9 G G C C G G 0 0 A G DOR DOR5 0 0 0 -9 G G C C G G C C A G GMM GMM1 0 0 0 -9 A G G C G G 0 0 A G [root@PC1 test01]# plink --file outcome --recode 12 tab --out test 1> /dev/null ## 转换命令，其中tab的作用是将输出的间隔指定为tab [root@PC1 test01]# ls outcome.map outcome.ped test.log test.map test.nosex test.ped [root@PC1 test01]# cat test.ped DOR DOR1 0 0 0 -9 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 DOR DOR2 0 0 0 -9 2 2 1 2 2 2 2 2 1 2 DOR DOR3 0 0 0 -9 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 DOR DOR4 0 0 0 -9 2 2 2 2 2 2 0 0 1 2 DOR DOR5 0 0 0 -9 2 2 2 2 2 2 1 1 1 2 GMM GMM1 0 0 0 -9 1 2 1 2 2 2 0 0 1 2
1> /dev/null : 意思是使标准正确输出导入/dev/null, 避免其在屏幕上显示。
第一个位点：次等位基因转换为了1， 主等位基因转换为了2.
第二个位点：次等位基因转换为了1， 主等位基因转换为了2.
第三个位点：如果仅存在一个碱基，则被认为是主等位基因，全部转换为2,
第四个位点： 存在缺失的情况，此等位基因依然是1，主等位基因为2，缺失则仍然是0.
第五个位点：如果碱基各半的情况，则一个碱基为1，另一个基因为2.
小结：
plink中 --recode 12的命令的作用：
将此等位基因转换为1， 将主等位基因转换为2，如果缺失则依然为0，如果碱基各半，则一个为1，一个为2.
