trimmomatic 质控报错：Error: Unable to detect quality encoding

 

001、问题

利用trimmomatic 质控报错：Error: Unable to detect quality encoding

 

 

报错原因：不能判断质量质体系。

 

002、解决方法

查看同批次数据质控log文件，查看识别的质量体系，如下：

 

 

然后再命令行中增加：-phred33 或者 -phred64；

例如：

java -jar /public/home/b20223040323/software/trimmomatic/trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 -threads 36  SRR21814498_1.fastq.gz  SRR21814498_2.fastq.gz -baseout SRR21814498_trim.fastq.gz ILLUMINACLIP:/public/home/b20223040323/software/trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50