从NCBI中下载SRA数据
今天测试了fastq-dump直接 根据SRA号无法下载。
只有下面一种方法测试成功。
001、
002、
003、
004、
005、
[root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR1770413.sralite.1 ## 下载该数据 [root@PC1 test]# ls SRR1770413.sralite.1 [root@PC1 test]# ll -h ## 查看文件大小 total 93M -rw-r--r--. 1 root root 93M Sep 15 11:42 SRR1770413.sralite.1
006、利用fastq-dump将其转换为fastq格式
[root@PC1 test]# ls SRR1770413.sralite.1 [root@PC1 test]# fastq-dump --split-files SRR1770413.sralite.1 ## 转换为fastq Read 643253 spots for SRR1770413.sralite.1 Written 643253 spots for SRR1770413.sralite.1 [root@PC1 test]# ls SRR1770413.sralite.1 SRR1770413.sralite.1_1.fastq SRR1770413.sralite.1_2.fastq [root@PC1 test]# ll -h total 949M -rw-r--r--. 1 root root 93M Sep 15 11:42 SRR1770413.sralite.1 -rw-r--r--. 1 root root 428M Dec 31 22:21 SRR1770413.sralite.1_1.fastq -rw-r--r--. 1 root root 428M Dec 31 22:21 SRR1770413.sralite.1_2.fastq