gffread软件实现基因组注释文件gff 和 gtf的相互转换

 

001、下载测试gff文件，以山羊的gff注释文件为例

[root@pc1 test]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/704/415/GCF_001704415.2_ARS1.2/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff.gz
[root@pc1 test]# ls
GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff.gz
[root@pc1 test]# gunzip GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff.gz     ## 解压
[root@pc1 test]# ls
GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff    

 

 

 

002、下载gffread软件， 从github直接下载

01、直接检索

 

 

 

 

02、点开此链接

 

 

 

03、点右侧releases

 

 

 

 

04、下载最新版

 

 

 

wget https://github.com/gpertea/gffread/releases/download/v0.12.7/gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
[root@pc1 gffread]# ls
gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
[root@pc1 gffread]# tar -xzvf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz    ## 解压
gffread-0.12.7.Linux_x86_64/
gffread-0.12.7.Linux_x86_64/README.md
gffread-0.12.7.Linux_x86_64/gffread
gffread-0.12.7.Linux_x86_64/LICENSE
[root@pc1 gffread]# ls
gffread-0.12.7.Linux_x86_64  gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz
[root@pc1 gffread]# cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64/    ## 进入解压后生成的目录
[root@pc1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# ls        ## 不用编译，可以发现课执行程序
gffread  LICENSE  README.md

 

 

 

003、将注释文件gff格式转换为gtf格式

[root@pc1 test]# ls                   ## 测试gff文件
GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff
[root@pc1 test]# /home/software/gffread/gffread-0.12.7.Linux_x86_64/gffread GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff -T -o result.gtf   ## 转换程序
[root@pc1 test]# ls      ## 转换结果
GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff  result.gtf
[root@pc1 test]# head -n 2 result.gtf       ## 查看前两行
NC_030808.1     tRNAscan-SE     transcript      60028   60099   .       +       .      transcript_id "rna-TRNAC-GCA"; gene_id "gene-TRNAC-GCA"; gene_name "TRNAC-GCA"
NC_030808.1     tRNAscan-SE     exon    60028   60099   .       +       .       transcript_id "rna-TRNAC-GCA"; gene_id "gene-TRNAC-GCA"; gene_name "TRNAC-GCA";

 

 

 

004、将gtf转换为gff文件

[root@pc1 test]# ls
GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff  result.gtf
[root@pc1 test]# /home/software/gffread/gffread-0.12.7.Linux_x86_64/gffread result.gtf -o result.gff     ## 转换程序
[root@pc1 test]# ls         ## 查看抓换结果
GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff  result.gff  result.gtf
[root@pc1 test]# head -n 2 result.gff
##gff-version 3
# gffread v0.12.7
[root@pc1 test]# tail -n 2 result.gff   ## 查看最后两行 
NC_005044.2     RefSeq  transcript      15365   15430   .       -       .       ID=rna-KEF96_t22;geneID=gene-KEF96_t22
NC_005044.2     RefSeq  exon    15365   15430   .       -       .       Parent=rna-KEF96_t22