使用seqkit软件用fasta文件中提取指定的scaffold
001、提取单条contig
[root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig_3 TTGCACATATACATCATNNN >contig_4 GTATGAGCATAGACATACATC [root@pc1 test4]# seqkit grep -p contig_2 test.fa >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT
002、 批量提取contig
[root@pc1 test4]# ls list test.fa [root@pc1 test4]# cat list ## 将contig放入列表文件 contig_1 contig_3 [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig_3 TTGCACATATACATCATNNN >contig_4 GTATGAGCATAGACATACATC [root@pc1 test4]# seqkit grep -f list test.fa ## 提取contig [INFO] 2 patterns loaded from file >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_3 TTGCACATATACATCATNNN
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