linux 中 shell 统计每条scaffold的长度
001、
[root@pc1 test]# ls a.fa [root@pc1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aatt cc >chr2 ttgg ccgg >chr3 aa [root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^>/) {print chr, sum; chr = $0; sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print chr, sum}' a.fa >chr1 6 >chr2 8 >chr3 2
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linux shell
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