linux 中 shell 统计每条scaffold的长度

 

001、

[root@pc1 test]# ls
a.fa
[root@pc1 test]# cat a.fa     ## 测试fasta文件
>chr1
aatt
cc
>chr2
ttgg
ccgg
>chr3
aa
[root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^>/) {print chr, sum; chr = $0; sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print chr, sum}' a.fa

>chr1 6
>chr2 8
>chr3 2