如何检测bam文件的完整性

 

001、

[root@pc1 test]# ls
E_coli_K12.sorted.markdup.bam                    ## 测试bam文件
[root@pc1 test]# samtools quickcheck E_coli_K12.sorted.markdup.bam    ## 使用samtools quickcheck命令
[root@pc1 test]# ls
E_coli_K12.sorted.markdup.bam
[root@pc1 test]# head -n 1000 E_coli_K12.sorted.markdup.bam > a.bam      ## 提取完整bam文件的一部分作为测试文件
[root@pc1 test]# ls
a.bam  E_coli_K12.sorted.markdup.bam
[root@pc1 test]# samtools quickcheck a.bam      ## 测试
a.bam was missing EOF block when one should be present    ## 不完整