linux 中shell脚本实现将fasta文件的scaffold拆分为单独的文件

 

001、 shell实现

[root@PC1 test]# ls
test.fa
[root@PC1 test]# cat test.fa                ## 测试fasta文件
> chr1
ddddgggg
ddfgg
> chr2
eertttt
dddddg
> chr3
dfdfgggg
lljhhhh                                     ## 拆分脚本
[root@PC1 test]# grep -n "^>" test.fa | cut -d ":" -f 1 | paste - <(grep -n "^>" test.fa | cut -d ":" -f 1 | awk '{print $0 - 1}' | sed 1d | sed '$a $') | awk '{OFS = "\t"; print $0, NR}' | while read {i,j,k}; do sed -n "$i, $j"p test.fa > chr$k.fa; done
[root@PC1 test]# ls
chr1.fa  chr2.fa  chr3.fa  test.fa
[root@PC1 test]# cat chr1.fa   ## 第一个scaffold
> chr1
ddddgggg
ddfgg

 

 

002、python实现