双端测序中reads1和reads2是什么关系
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双端测序下机数据中得到的read1和read2是两条互补链insertsize中方向相对的两条序列，再比对到单链的参考基因组之前会先将其中一条read转义，然后进行比对，所以比对得到的SAM和BAM文件中read1和read2有一条是被转了的。
来源：https://www.jianshu.com/p/b18ee79a0285
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