linux 中shell将fasta文件的每一个scafflod的所有碱基整合为一行

 

001、

(base) root@PC1:/home/test2# ls
a.fasta
(base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta    ## 测试fasta文件
>scaffold_1
CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTTAATGCCGGCCGATTCAAATAA
CGTTCAAGTTTTTCTTGCGGCGGACAATCAAAGAATGCAGCTTCTACGGTTGCTTCCGTT
GGCCCATAGGAATTGGTTATT
>scaffold_2
CACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCCGATAAATGGATCACAGGTT
TAGTTAACTAGGTCAATAC
>scaffold_3
TTGATCCAGTGGCTCCGGTTACTCCAGTTGATCCTGTTGCGCCTGTTGCTCCAGTTTCTC
CTGTTGCTCCTGTTGCTCCTGTTGATCCCGTTGCACCTGTTGGTCCAGTCGGTCCAATTC
>scaffold_4
CCTGAGCCAGGATCAAACTCTCCGATAAATGGATCACAGGTTAAGTTCACCGCATCCTGC
TGTTTTTTTGATTTATTTTCCCGCCGCTGTGAGCTTGTTTTCTCAGAAGCGCATCAGCGA
>scaffold_5
TCACCCCGGAATCAGCTGACATAGAAGCACTGAAATCAGCACTGAAGGAAACCCTGCCGG                                          ## 整合脚本及结果
(base) root@PC1:/home/test2# awk '{if($0 ~ />/) {print $0} else {printf("%s", $0)}}' a.fasta | sed 's/>/\n>/g' | sed '$ s/$/\n/' | sed 1d
>scaffold_1
CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTTAATGCCGGCCGATTCAAATAACGTTCAAGTTTTTCTTGCGGCGGACAATCAAAGAATGCAGCTTCTACGGTTGCTTCCGTTGGCCCATAGGAATTGGTTATT
>scaffold_2
CACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCCGATAAATGGATCACAGGTTTAGTTAACTAGGTCAATAC
>scaffold_3
TTGATCCAGTGGCTCCGGTTACTCCAGTTGATCCTGTTGCGCCTGTTGCTCCAGTTTCTCCTGTTGCTCCTGTTGCTCCTGTTGATCCCGTTGCACCTGTTGGTCCAGTCGGTCCAATTC
>scaffold_4
CCTGAGCCAGGATCAAACTCTCCGATAAATGGATCACAGGTTAAGTTCACCGCATCCTGCTGTTTTTTTGATTTATTTTCCCGCCGCTGTGAGCTTGTTTTCTCAGAAGCGCATCAGCGA
>scaffold_5
TCACCCCGGAATCAGCTGACATAGAAGCACTGAAATCAGCACTGAAGGAAACCCTGCCGG