使用haploview进行LD分析
001、
软件官网:https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview
002、测试数据
root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped ## 使用plink软件转换数据为 haploview需要的格式 root@PC1:/home/test# plink --file outcome --chr 1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode HV --out test 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls ## 测试结果文件 outcome.map outcome.ped test.chr-1.info test.chr-1.ped test.log test.nosex
003、可以根据下面的选项设置不同的过滤标准
出现如下界面:
003、LD、plot(出现三角不完整的原因是因为设定分析的最大距离计算LD导致的,默认500kb)
004、导出LD分析结果
a、
b、
c、
d、
005、查看结果