plink 软件中 --assoc 参数对二分类性状关联分析卡方值、及p值计算
001、
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> /etc/null ## 关联分析 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped test.assoc test.log root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# head test.assoc CHR SNP BP A1 F_A F_U A2 CHISQ P OR 1 snp1 2802 G 0.08877 0.1094 T 1.296 0.255 0.7928 1 snp2 2823 T 0.07065 0.05472 C 1.166 0.2803 1.313 1 snp3 4512 G 0.07246 0.06038 A 0.6359 0.4252 1.216 1 snp4 16529 T 0.06159 0.04717 C 1.091 0.2962 1.326 1 snp5 16578 G 0.05978 0.06981 C 0.4494 0.5026 0.8472 1 snp6 16579 C 0.25 0.3019 A 3.648 0.05615 0.7708 1 snp7 16635 G 0.09239 0.08302 C 0.2966 0.586 1.124 1 snp8 20879 T 0.1341 0.1264 G 0.1394 0.7089 1.07 1 snp9 20908 C 0.1975 0.1358 T 7.369 0.006636 1.565
002、R语言中验证
dir() dat <- read.table("test.assoc", header = T) ## 读入数据 dim(dat) head(dat) p_verify <- vector() for (i in 1:nrow(dat)) { p_verify[i] <- (1 - pchisq(dat[i,8], df = 1)) } dat$p_verify <- p_verify tail(dat) cor(dat$P, dat$p_verify)