单细胞数据处理中数据标准化函数NormalizeData()实现细节

 

数据来源：https://www.jianshu.com/p/4f7aeae81ef1

1、

pbmc <- NormalizeData(pbmc)
dat <- pbmc[["RNA"]]@counts      ## 原始数据
dat <- as.data.frame(dat)

dat2 <- matrix(0, nrow = nrow(dat), ncol = ncol(dat))   ## 手动标准化变量
rownames(dat2) <- rownames(dat)
colnames(dat2) <- colnames(dat)

for (i in 1:ncol(dat2)) {
  dat2[,i] <- log1p(dat[,i]/sum(dat[,i]) * 10000)     ## NormalizeData()实现过程
}
tail(dat2)[,1:6]
test <- pbmc[["RNA"]]@data                       ## NormalizeData()函数标准化结果

test <- as.data.frame(test) tail(test)[,1:6]