单细胞数据处理中数据标准化函数NormalizeData()实现细节
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pbmc <- NormalizeData(pbmc) dat <- pbmc[["RNA"]]@counts ## 原始数据 dat <- as.data.frame(dat) dat2 <- matrix(0, nrow = nrow(dat), ncol = ncol(dat)) ## 手动标准化变量 rownames(dat2) <- rownames(dat) colnames(dat2) <- colnames(dat) for (i in 1:ncol(dat2)) { dat2[,i] <- log1p(dat[,i]/sum(dat[,i]) * 10000) ## NormalizeData()实现过程 } tail(dat2)[,1:6] test <- pbmc[["RNA"]]@data ## NormalizeData()函数标准化结果
test <- as.data.frame(test) tail(test)[,1:6]