linux 中shell脚本统计参考基因组中碱基的总数目
1、方法1
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls hg38.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# grep -v "^>" hg38.fa | awk 'BEGIN{sum = 0} {sum += length($0)} END {print sum}' 3209286105
2、方法2
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls hg38.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# grep -v "^>" hg38.fa | sed 's/./&\n/g' | awk 'NF' | wc -l ## 非常耗时 3209286105
约32亿个碱基, 这说明参考基因组是单链?