使用detectRUNS包进行ROH检测，计算近交系数实践

 

1、测试数据下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g

提取码：5wfe

数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；

 

 

 

一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。

 

2、下载、安装detectRUNS包

install.packages("detectRUNS")

library(detectRUNS)

 

3、定义测试数据路径

genotypeFilePath <- ("test.ped")     

mapFilePath <- ("test.map")

 

4、利用默认参数进行ROH检测

slidingRuns <- slidingRUNS.run(

genotypeFile = genotypeFilePath,

mapFile = mapFilePath,

windowSize = 15, threshold = 0.05,

minSNP = 20, ROHet = FALSE,

maxOppWindow = 1,

maxMissWindow = 1,

maxGap = 10^6,

minLengthBps = 250000,

minDensity = 1/10^3,

# SNP/kbps maxOppRun = NULL, maxMissRun = NULL)

以上是默认参数，实际分析需要调整，这个最关键！

检测结果，每个个体检测的ROH数目：

 

 

 

 

5、生成统计列表

summaryList <- summaryRuns( runs = slidingRuns, mapFile = mapFilePath, genotypeFile = genotypeFilePath, Class = 6, snpInRuns = TRUE)

 

 

 

6、基于ROH近交系数如下：

 

 

 

 参考：http://127.0.0.1:27306/library/detectRUNS/doc/detectRUNS.vignette.html