gcta 计算 fst 实践
1、测试数据下载
链接:https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g
提取码:5wfe
数据为plink 格式数据test.map、test.ped ;
![](https://img2020.cnblogs.com/blog/1447599/202106/1447599-20210623214651113-1174367901.png)
一共包含三个品种,DOR、GMM、SUN各20个样本。
2、提取两个品种数据
grep -E "DOR|SUN" test.ped > a && mv a test.ped
一共40 个样本,DOR 20,SUN 20。
3、准备 subpopu.txt 文件
awk '{print$1,$2,$1}' test.ped > subpopu.txt
4、将测试数据转化为二进制
plink --file test --make-bed --sheep --out test
5、gcta 计算 fst
gcta64 --bfile test --fst --autosome-num 26 --sub-popu subpopu.txt --out test
查看结果如下:
参考:https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Fst