gcta 计算 fst 实践

 

1、测试数据下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g

提取码：5wfe

数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；

 

 

一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。

 

2、提取两个品种数据

grep -E "DOR|SUN" test.ped > a && mv a test.ped

 

 

一共40 个样本，DOR 20，SUN 20。

 

3、准备 subpopu.txt 文件

awk '{print$1,$2,$1}' test.ped > subpopu.txt

 

 

 

4、将测试数据转化为二进制

plink --file test --make-bed --sheep --out test

 

 

5、gcta 计算 fst

gcta64 --bfile test --fst --autosome-num 26 --sub-popu subpopu.txt --out test

查看结果如下：

 

 参考：https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Fst