plink软件计算snp位点的观测杂合度和期待杂合度

1、测试数据

[root@linuxprobe test]# ls
outcome.map  outcome.ped
[root@linuxprobe test]# cat outcome.ped
DOR     1       0       0       0       -9      C C     C C     A A     G G     A G     G G     G G     G C
DOR     2       0       0       0       -9      C C     G C     A G     G G     G G     A A     A G     C C
DOR     3       0       0       0       -9      G G     C C     A G     G G     G G     G A     A G     G C
DOR     4       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     G G     G G
DOR     5       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A G     G C
DOR     6       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A A     C C
DOR     7       0       0       0       -9      G G     C C     G G     A G     A A     A A     G G     C C
DOR     9       0       0       0       -9      G G     C C     G G     A G     A A     A A     G G     C C
[root@linuxprobe test]# cat outcome.map
1       snp1    0       55910
1       snp2    0       85204
1       snp3    0       122948
1       snp4    0       203750
1       snp5    0       312707
1       snp6    0       356863
1       snp7    0       400518
1       snp8    0       487423

 

2、计算观测杂合度和期待杂合度

[root@linuxprobe test]# plink --file outcome --hardy --out test;rm *.nosex  ## 加--hardy选项即可计算
[root@linuxprobe test]# cat test.hwe
 CHR  SNP     TEST   A1   A2                 GENO   O(HET)   E(HET)            P
   1 snp1  ALL(NP)    C    G                2/0/6        0    0.375      0.01538
   1 snp2  ALL(NP)    G    C                0/1/7    0.125   0.1172            1
   1 snp3  ALL(NP)    A    G                1/2/5     0.25    0.375       0.3846
   1 snp4  ALL(NP)    A    G                0/2/6     0.25   0.2188            1
   1 snp5  ALL(NP)    A    G                2/1/5    0.125   0.4297      0.07692
   1 snp6  ALL(NP)    G    A                1/1/6    0.125   0.3047          0.2
   1 snp7  ALL(NP)    A    G                1/3/4    0.375   0.4297            1
   1 snp8  ALL(NP)    G    C                1/3/4    0.375   0.4297            1