plink软件统计缺失率

1、准备测试数据

[root@linuxprobe test3]# cat test.map
1       snp1    0       55910
1       snp2    0       85204
1       snp3    0       122948
1       snp4    0       203750
1       snp5    0       312707
1       snp6    0       356863
1       snp7    0       400518
1       snp8    0       487423
[root@linuxprobe test3]# cat test.ped
DOR     1       0       0       0       -9      0 0     0 0     0 0     G G     A G     A A     G G     G C
DOR     2       0       0       0       -9      0 0     G C     0 0     G G     G G     A A     A G     C C
DOR     3       0       0       0       -9      G G     C C     0 0     G G     G G     A A     A G     G C
DOR     4       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     G G     G G
DOR     5       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A G     G C
DOR     6       0       0       0       -9      G G     C C     G G     G G     G G     A A     A A     C C
DOR     7       0       0       0       -9      G G     C C     G G     A G     A A     A A     G G     C C
DOR     9       0       0       0       -9      G G     C C     G G     A G     A A     A A     G G     C C

 

2、统计缺失率 加 --missing参数即可

plink --file test --missing --out test;rm *.log  *.nosex   ##加 --missing 参数即可
[root@linuxprobe test3]# ls
test.imiss  test.lmiss  test.map  test.ped
[root@linuxprobe test3]# cat test.imiss  ## 个体缺失率
 FID  IID MISS_PHENO   N_MISS   N_GENO   F_MISS
 DOR    1          Y        3        8    0.375
 DOR    2          Y        2        8     0.25
 DOR    3          Y        1        8    0.125
 DOR    4          Y        0        8        0
 DOR    5          Y        0        8        0
 DOR    6          Y        0        8        0
 DOR    7          Y        0        8        0
 DOR    9          Y        0        8        0

 

 

[root@linuxprobe test3]# cat test.lmiss  ##位点缺失率
 CHR  SNP   N_MISS   N_GENO   F_MISS
   1 snp1        2        8     0.25
   1 snp2        1        8    0.125
   1 snp3        3        8    0.375
   1 snp4        0        8        0
   1 snp5        0        8        0
   1 snp6        0        8        0
   1 snp7        0        8        0
   1 snp8        0        8        0