plink格式文件如何提取位点、删除位点、提取样本、删除样本
1、准备测试数据10个样本，10个位点
[root@linuxprobe test]# ls
test.map test.ped
[root@linuxprobe test]# cat test.ped ## 10个样本，10行
DOR sample01 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G A A G G A A G G A A
DOR sample02 0 0 0 -9 G G G C G G G G G G A A G G C A G G A A
DOR sample03 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G A A G G A A
DOR sample04 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G A A A G G A
DOR sample05 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G G A G G C A A G G A
DOR sample06 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G A A A A G G
DOR sample07 0 0 0 -9 G G C C G G A G A A G A G G C A G G A A
DOR sample08 0 0 0 -9 G G C C G G A G A A A A G G A A A G G A
DOR sample09 0 0 0 -9 G G G C G G G G G G A A G G C A G G A A
DOR sample10 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G G A G G C C A G G A
[root@linuxprobe test]# cat test.map ## 10个位点
1 snp1 0 55910
1 snp2 0 85204
1 snp3 0 122948
1 snp4 0 203750
1 snp5 0 312707
2 snp6 0 23713
2 snp7 0 24881
2 snp8 0 249725
2 snp9 0 287787
2 snp10 0 2407856
2、提取特定位点
[root@linuxprobe test]# cut -f 2 test.map | sed -n '2p;5p;7p' > testsite.txt
[root@linuxprobe test]# cat testsite.txt ## 提取三个位点
snp2
snp5
snp7
[root@linuxprobe test]# plink --file test --extract testsite.txt --recode tab --out testsite;rm *log *.nosex ##利用plink --extract 选项
[root@linuxprobe test]# ls
test.map test.ped testsite.map testsite.ped testsite.txt
[root@linuxprobe test]# cat testsite.map ## 已经提取三个位点
1 snp2 0 85204
1 snp5 0 312707
2 snp7 0 24881
[root@linuxprobe test]# cat testsite.ped
DOR sample01 0 0 0 -9 C C A G G G
DOR sample02 0 0 0 -9 G C G G G G
DOR sample03 0 0 0 -9 C C G G G G
DOR sample04 0 0 0 -9 C C G G G G
DOR sample05 0 0 0 -9 C C G G G G
DOR sample06 0 0 0 -9 C C G G G G
DOR sample07 0 0 0 -9 C C A A G G
DOR sample08 0 0 0 -9 C C A A G G
DOR sample09 0 0 0 -9 G C G G G G
DOR sample10 0 0 0 -9 C C A G G G
## 提取特定位点只需要提供snpID即可，就是map文件对应的第二列
3、删除特定位点
[root@linuxprobe test]# rm testsite.map testsite.ped ## 删除上一步测试结果
[root@linuxprobe test]# cat testsite.txt
snp2
snp5
snp7
[root@linuxprobe test]# ls
test.map test.ped testsite.txt
[root@linuxprobe test]# plink --file test --exclude testsite.txt --recode tab --out testsite;rm *.log *.nosex ## 利用plink exclude选项剔除位点
[root@linuxprobe test]# cat testsite.map ## 已经剔除snp2、snp5、snp7位点。
1 snp1 0 55910
1 snp3 0 122948
1 snp4 0 203750
2 snp6 0 23713
2 snp8 0 249725
2 snp9 0 287787
2 snp10 0 2407856
[root@linuxprobe test]# cat testsite.ped
DOR sample01 0 0 0 -9 G G G G G G A A A A G G A A
DOR sample02 0 0 0 -9 G G G G G G A A C A G G A A
DOR sample03 0 0 0 -9 G G G G G G A A A A G G A A
DOR sample04 0 0 0 -9 G G G G G G A A A A A G G A
DOR sample05 0 0 0 -9 G G G G G G G A C A A G G A
DOR sample06 0 0 0 -9 G G G G G G A A A A A A G G
DOR sample07 0 0 0 -9 G G G G A G G A C A G G A A
DOR sample08 0 0 0 -9 G G G G A G A A A A A G G A
DOR sample09 0 0 0 -9 G G G G G G A A C A G G A A
DOR sample10 0 0 0 -9 G G G G G G G A C C A G G A
## 剔除位点只需要提供snpID，就是map文件对应的第二列
4、提取特定样本数据
rm testsite.* ## 删除上一步测试结果
[root@linuxprobe test]# cut -f 1-2 test.ped | sed -n '2p;6p;9p' > testind.txt ## 提取测试3个样本
[root@linuxprobe test]# cat testind.txt
DOR sample02
DOR sample06
DOR sample09
[root@linuxprobe test]# plink --file test --keep testind.txt --recode tab --out testind; rm *.log *.nosex ## 利用 --keep选项提取
[root@linuxprobe test]# ls
testind.map testind.ped testind.txt test.map test.ped
[root@linuxprobe test]# cat testind.map ## 位点没变
1 snp1 0 55910
1 snp2 0 85204
1 snp3 0 122948
1 snp4 0 203750
1 snp5 0 312707
2 snp6 0 23713
2 snp7 0 24881
2 snp8 0 249725
2 snp9 0 287787
2 snp10 0 2407856
[root@linuxprobe test]# cat testind.ped ## 提取了三个样本
DOR sample02 0 0 0 -9 G G G C G G G G G G A A G G C A G G A A
DOR sample06 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G A A A A G G
DOR sample09 0 0 0 -9 G G G C G G G G G G A A G G C A G G A A
## 提取样本需要提供familyID和individualID，就是ped文件对应的前两列
5、删除特定样本数据
[root@linuxprobe test]# rm testind.map testind.ped ## 删除上一步测试结果
[root@linuxprobe test]# ls
testind.txt test.map test.ped
[root@linuxprobe test]# cat testind.txt
DOR sample02
DOR sample06
DOR sample09
[root@linuxprobe test]# plink --file test --remove testind.txt --recode tab --out testind; rm *.log *.nosex ## 利用 --remove选项删除样本
[root@linuxprobe test]# cat testind.map ## 位点不变
1 snp1 0 55910
1 snp2 0 85204
1 snp3 0 122948
1 snp4 0 203750
1 snp5 0 312707
2 snp6 0 23713
2 snp7 0 24881
2 snp8 0 249725
2 snp9 0 287787
2 snp10 0 2407856
[root@linuxprobe test]# cat testind.ped ## 已经删除sample02、sample06、sample09样本
DOR sample01 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G A A G G A A G G A A
DOR sample03 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G A A G G A A
DOR sample04 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G A A G G A A A G G A
DOR sample05 0 0 0 -9 G G C C G G G G G G G A G G C A A G G A
DOR sample07 0 0 0 -9 G G C C G G A G A A G A G G C A G G A A
DOR sample08 0 0 0 -9 G G C C G G A G A A A A G G A A A G G A
DOR sample10 0 0 0 -9 G G C C G G G G A G G A G G C C A G G A
## 删除样本需要提供familyID和individualID，就是ped文件对应的前两列
