java.io.FileNotFoundException: (Too many open files) gatk MarkDuplicates标记重复报错解决

1、使用gatk 对 排序后bam文件进行标记重复出现如下报错：

 

 

经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。

可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。

 

2、查看并设置linux系统打开文件最大数目

ulimit -n
ulimit -n 10240
ulimit-n

 

 由1024设置为10240

 

3、运行程序测试

 

 

 没有再报错。

 参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b696e1010102x0q7.html 

         https://www.cnblogs.com/cjsblog/p/9367043.html