利用phylip软件对SNP数据构建进化树

1、下载、安装 phylip软件

官网： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz
tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz
cd phylip-3.697/
cd src/
make -f Makefile.unx install

安装成功的标志。

可执行程序在exe路径下：

2、下载测试数据，提取一小部分进行测试：

链接：https://pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg 
提取码：e69n
head -n 5 test.ped | cat - <(tail -n 5 test.ped) > a && mv a test.ped

3、参考下面文章进行构建进化树 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856

样本ID必须是10个字符，这点很重要！！！使用如下命令修改：

##把间隔符改为tab
plink --file test --recode tabx --sheep --out test;rm -f *.log *.nosex 

##把个体ID调整为10个字符
awk '{print $2 "xxx000000000"}' test.ped |cut -b 1-10|paste - test.ped |awk '{OFS = "\t"}{print $2,$1,$0}'| cut -f 3-5 --complement > a && mv a test.ped

##转化为vcf格式：
plink --file test --sheep --recode vcf-iid --out test;rm -f *.log *.nosex

4、下载 vcf2phylip.py脚本，用于将vcf文件转化为phylip软件需要的格式：

下载地址：https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/releases

wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/v2.0.zip
unzip v2.0.zip
cd vcf2phylip-2.0/

5、使用 vcf2phylip.py 将test.vcf转化为phylip软件需要的格式：

python /home/liujiaxin/software/vcf2phylip-2.0/vcf2phylip.py -i  test.vcf

6、准备配置文件，参照 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856：

a、seqboot.par ， test.min4.phy是上一步vcf转化格式生成的文件。注意 test.min4.phy 后面不要加注释，否则报错！！！！

b、dnadist.par 注意：第一行不要加注释！！！！！

c、neighbor.par 注意：第一行不要加注释！！！！！

d、consense.par 注意：第一行不要加注释！！！！！

看下当前目录：

7、运行以下程序：

/home/liujiaxin/software/phylip-3.697/exe/seqboot < ./seqboot.par && mv ./outfile ./seqboot.out
/home/liujiaxin/software/phylip-3.697/exe/dnadist < ./dnadist.par &&  mv ./outfile ./dnadist.out
/home/liujiaxin/software/phylip-3.697/exe/neighbor < ./neighbor.par && mv  ./outfile ./nei.out && mv ./outtree ./nei.tree
/home/liujiaxin/software/phylip-3.697/exe/consense < ./consense.par && mv ./outfile ./cons.out && mv ./outtree ./constree

8、看下当前目录，constree为构建进化树的文件