随笔分类 - 生信
摘要：选择信号分析 XPEHH 检测 001、对要检测的vcf文件进行phasing [root@pc1 XP-EHH]# ls ## 原始文件 clean.vcf [root@pc1 XP-EHH]# java -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36.
阅读全文
摘要：001、未定相 [root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16 ## 为定相是斜杠 1 55910 s64199.1 G . . . PR G
阅读全文
摘要：phasing 是什么？ phasing就是将二倍体生物的等位基因归类到不同的染色体上。 比如一个个体一个位点的基因型是A-G；另一个位点的基因型是T-C; 那么第一个位点和第二个位点中哪两个等位基因是来自一条染色体？ 哪两个是来自另一条染色体？、 一种情况如下： 第一个位点的A和第二个位点的T来自
阅读全文
摘要：001、beagle软件官网：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 002、下载最新版本： 003、赋予执行权限，并测试 [root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [roo
阅读全文
摘要：001、问题，调用一个二进制文件，出现如下的报错 [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ls gffread [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ./gffread -bash: ./gffread: cannot exe
阅读全文
摘要：gffread为生物序列处理工具，主要使用c++语言编写。01、下载安装包下载地址：https://github.com/gpertea/gffread 02、解压、调用测试 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [ro
阅读全文
摘要：chrom_map["23"] = "NC_056076.1" chrom_map["24"] = "NC_056077.1" chrom_map["25"] = "NC_056078.1" chrom_map["26"] = "NC_056079.1" chrom_map["X"] = "NC_0
阅读全文
摘要：001、下载镜像源 a、地址 清华镜像源：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ b、下载最新版本， 注意两点：1、最新的，可以参考后边的发布日期； 2、选择linux版本，架构选x86_64的 002、确认一下系统 [root@
阅读全文
摘要：001、问题 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files. (base) [root@pc1 test01]# plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out
阅读全文
摘要：001、生成fst值得z分数 即：（观测值-平均值）/标准差 dat <- read.table("fst.fst", header = T) head(dat, 3) dat$z_score <- (dat$FST - mean(dat$FST))/sd(dat$FST) ## 在原来数据上新增一
阅读全文
摘要：001、问题 (base) [root@pc1 src]# treemix treemix: error while loading shared libraries: libgsl.so.27: cannot open shared object file: No such file or dir
阅读全文
摘要：001、 gffread x_variable_combine.gff -g goat_pangenome.fa -y x_variable_protein.fa ## 提取命令 。
阅读全文
摘要：001、问题， make编译报错如下： utilseq.h:92:30: error: ‘Iefp’ is not a class or namespace 002、感觉像是c++版本低造成的 测试一下，将gcc编译器有4.8 升级到 11， 问题解决。 升级方法：https://www.cnblo
阅读全文
摘要：001、 Project、sample、SRA、RUN、experiment accession 啥关系
阅读全文
摘要：001、报错如下： configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https 002、解决方法 [root@localhost R-4.3.2]# yum install l
阅读全文
摘要：001、问题 configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support 002、解决方法 [root@localhost R-4.
阅读全文
摘要：使用conda安装 001、创建单独的环境名称 (base) [root@pc1 test01]# conda create -n eggnog 002、查看环境 (base) [root@pc1 test01]# conda env list # conda environments: # bas
阅读全文
摘要：001、 conda安装 conda install -c bioconda diamond 002、
阅读全文
摘要：001、确认是否已经安装 (base) [root@pc1 ~]# python Python 3.11.4 (main, Jul 5 2023, 14:15:25) [GCC 11.2.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "lice
阅读全文
摘要：001、问题 Cannot connect to AnnotationHub server, using 'localHub=TRUE' instead Using 'localHub=TRUE' library(AnnotationHub) library(biomaRt) library(clu
阅读全文
