随笔分类 - 生信
摘要：001、去EBI找数据，以SRA号SRR1342456为例： 官网：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home a、 b、 c、 d、 002、开始下载 [b20223040323@admin2 x_ljx_test]$ ls [b20223040323@admin
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摘要：标记重复前 还是 标记重复后的？ 001、两者是没有明细差异的： 。
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摘要：001、 在samtools flagstat 对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果： 002、比对率结果应该以哪个为准？ 答案是：以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是shee
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摘要：001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt ## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件： 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ ca
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摘要：001、 genes <- read.table("genes.txt") ## 读取基因symbol head(genes) tail(genes) genes <- genes[genes != "NA_NA" & genes != "unknow",, drop = FALSE] ## 去除无
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摘要：001、系统 [liujiaxin01@PC1 ~]$ cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 8.10 (Green Obsidian) 002、下载安装包（下载的4.2.12版本） [liujiaxin01@PC1 aspera]$ wget -c
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摘要：001、查看系统 [liujiaxin01@PC1 aspera]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载安装包 [liujiaxin01@PC1 aspera]$ ls [liujiaxin01@PC
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摘要：001、问题 /home/liujiaxin01/.aspera/connect/bin/asperaconnect-nmh: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/liujiaxin
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摘要：001、软件的安装 a、官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads b、 c、 d、下载并解压 [root@PC1 software]# ls ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gz [
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摘要：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 002、 测试下载 ascp -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.eb
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摘要：https://blog.csdn.net/crewkickse/article/details/131513734 4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 64 ： 代表这个序
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摘要：001、 #提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -F 4 lane.sam > lane.bam #提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -f 4 lane.sam > lane.bam 提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果： sam
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摘要：01、 [liujiaxin01@PC1 test2]$ ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -P33001 fasp-g1k@fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1/ftp/re
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摘要：ascp -QT -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 1000M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr.00.tar.gz ./ 002 ascp -QT -i ~/.
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摘要：001、 --split-files：所有情况 --split-3：双端 –split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中–split-files: 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃–split-3 : 将双端测序分为两份，存放在不同
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摘要：001、使用srapath命令 [root@PC1 test2]# srapath SRR1482463 https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR1482463/SRR1482463 [root@PC1 test2]# srapath SRR1
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摘要：000、 上传前注册了ORCID账号 001、打开NCBI官网，然后点击submit 002、 点击SRA 003、 004、 005、 006、 007、 008、 009、 010、 011、 注：*organism列批量多个样品时，可加-1、-2……进行区分，否则上传时提示失败。 示例信息如下
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摘要：001、安装加载包 install.packages("CMplot") library("CMplot") 002、查看测试数据 data(pig60K) head(pig60K) 003、使用示例数据绘制snp密度图 CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e
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摘要：001、软件安装过程中autogen.sh文件的作用 (base) [root@pc1 vcftools-0.1.16]# ls ## 原始解压后的文件， 有autogen.sh autogen.sh configure.ac LICENSE README.md vcftools-0.1.16.ta
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