随笔分类 -  生信

1 2 3 4 5 ··· 25 下一页
摘要:该研究利用牛津纳米孔(ONT)超长读长、PacBio HiFi高精度测序及Hi-C技术 阅读全文
posted @ 2025-02-17 14:42 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:000、原始文件ID [root@localhost test]# ls ## 测试文件 test.vcf [root@localhost test]# grep "^#" test.vcf | tail -n 1 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FOR 阅读全文
posted @ 2025-02-16 23:08 小鲨鱼2018 阅读(1) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 阅读全文
posted @ 2025-02-02 23:40 小鲨鱼2018 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 def fastq_quality_to_phred(fastq_file): with open(fastq_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('+'): continue # 跳过加号行 quality_line = 阅读全文
posted @ 2025-02-01 23:32 小鲨鱼2018 阅读(1) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq SRR1770413_2.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py #!/usr/bin/env 阅读全文
posted @ 2025-02-01 00:04 小鲨鱼2018 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到,产生的reads更多,这些区域的覆盖度更高,在高GC或者低GC区域,不容易被测到,产生较少的reads,这些区域的覆盖度更少。用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标,覆盖度作为纵坐标作图,可以明显的看到该趋势。这 阅读全文
posted @ 2025-01-29 19:10 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 测试如下: time (samtools depth Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> thread_1.time time (samtools depth -@ 5 Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> th 阅读全文
posted @ 2025-01-27 12:37 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、测序深度 = 测序量 / 基因组的大小。 a、根据fastq计算测序的碱基数目 b、计算参考基因组的碱基数目 c、a的结果/b的结果 002、比对深度 = 比对上所有位点深度之和/比对上的位点的数目。 测试: (base) [b20223040323@admin1 test4]$ ls SR 阅读全文
posted @ 2025-01-27 12:15 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 samtools idxstat xxx.bam ## bam需要是排过序且构建过索引的 [s20223040682@admin1 test]$ samtools idxstats Iran141.sorted.markdup.bam | head ## 第一列染色体名称,第二列染色体的长 阅读全文
posted @ 2025-01-26 21:58 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 推荐使用如下参数 java -jar /path/trimmomatic-0.39.jar PE \ -phred33 \ -threads 16 \ sample_name_1.fq.gz sample_name_2.fq.gz \ -baseout /path/sample_name_ 阅读全文
posted @ 2025-01-21 09:03 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001a、核酸库 ascp -v -k 1 -T -l 200m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./ 001b、构建索引 mak 阅读全文
posted @ 2025-01-20 11:15 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk/ make ./seqtk | head -n 3 002、fastq格式转换为fasta格式 [s20223040682@admin2 test]$ ls test.fastq [ 阅读全文
posted @ 2025-01-20 10:19 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、AI打开PDF文件 002、左侧选择矩形工具 003、选择想要剪切的区域 004、 回到一般选择图标 005、ctrl + a选中两个图层 006、右键选择简历剪切蒙版 007、 剪切完成。 。 阅读全文
posted @ 2025-01-10 17:33 小鲨鱼2018 阅读(57) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:#将filename设置成NULL #将画出来的图先保存到venn.plot中 venn.plot <- venn.diagram( x = list ( A = 1:10, B = 6:25 ), cat.col=c("red","blue"), fill = c("red","blue"), f 阅读全文
posted @ 2025-01-03 23:49 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、报错如下: configure: error: curses development files not found 002、rocky9系统 [root@PC1 samtools-1.21]# cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.4 阅读全文
posted @ 2024-12-20 11:01 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、rocky9中编译安装R报错: conftest.c:1:10: fatal error: jni.h: No such file or directory 这个错误表明编译器在尝试编译一个C语言源文件时,无法找到头文件jni.h。jni.h是Java Native Interface(JN 阅读全文
posted @ 2024-12-10 16:50 小鲨鱼2018 阅读(63) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、 conda install bioconda::dedup 002、调用测试 (base) [b20223040323@admin2 DeDup-0.12.9]$ dedup --version DeDup v0.12.9 DeDup v0.12.9 。 ref: 01、https://a 阅读全文
posted @ 2024-12-09 21:44 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、问题 Exception in thread "Thread-0" java.lang.RuntimeException: Sequence and quality length don't match: 002、 出现这个问题的原因是原始fastq文件损坏,需要重新下载a、通过解压原始gz 阅读全文
posted @ 2024-12-08 18:06 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、 make clean和make clobber区别。 https://blog.csdn.net/qq_32014215/article/details/106155403; 阅读全文
posted @ 2024-12-07 17:04 小鲨鱼2018 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:001、安装boost依赖环境 boost 是一个跨平台的 c++ 库集合,它提供了许多功能和工具,用于在 linux 上开发高性能的应用程序。 yum -y install bzip2 bzip2-devel bzip2-libs python-devel 002、下载最新安装包 https:// 阅读全文
posted @ 2024-12-04 10:31 小鲨鱼2018 阅读(85) 评论(0) 推荐(0) 编辑

1 2 3 4 5 ··· 25 下一页
点击右上角即可分享
微信分享提示