blast 和 blast+ 的一点区别 -- 以 tblastn 为例

待比对序列：包括 stop codon 在内，总长 46 aa。

>PITAhm_001998-RA not_annotated
MEVSIKTLGFFSSGQISMTLAQKDLTVRGFTYAPGTHYSILQIFW*

其在基因组上的注释：总长 138 nt。

# gff
scaffold511108  merged  mRNA    110192  110329  .       +       .       ID=PITAhm_001998-RA;Parent=PITAhm_001998;Name=PITAhm_001998-RA;Alias=non-annotated model,no protein domains,note:complete
scaffold511108  merged  exon    110192  110329  100     +       .       ID=PITAhm_001998-RA:1;Parent=PITAhm_001998-RA
scaffold511108  merged  CDS     110192  110329  100     +       0       ID=PITAhm_001998-RA:cds;Parent=PITAhm_001998-RA

blast 比对结果：

# tblastn (blastall)
PITAhm_001998-RA        scaffold511108  100.00  45      0       0       1       45      110192  110326  8e-18   94.0

# tblastn (blast+)
PITAhm_001998-RA        scaffold511108  100.00  46      0       0       1       46      110192  110329  6e-21   94.4
posted @ 2017-02-21 21:14  liuhui_pine  阅读(1748)  评论(0)  编辑  收藏  举报