生信——快速将样本的名字写到sample.list中

生信分析中，很多时候需要用到sample.list, 基本上这个就是实现多样本并行的不可缺少的文件。那如果有几百个样本的fastq.gz文件，如何将快速列出一个sample.list呢？用下面这句话就可以了

ls -1 | grep "_L001_R1_001.fastq.gz$"|sed 's/_L001_R1_001.fastq.gz//g' >sample.list

 

刚下机的原始数据：

CM10-1_S10_L001_R1_001.fastq.gz
CM10-1_S10_L001_R2_001.fastq.gz

sample.list:

CM10-1_S10