bzoj 1264 [AHOI2006]基因匹配Match（DP+树状数组）

 

1264: [AHOI2006]基因匹配Match

Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MB
Submit: 793  Solved: 503
[Submit][Status][Discuss]

Description

基 因匹配（match） 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球，这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成（地球上只有4种），而更奇怪的是，组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次！这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成，那么它的长度一定是5N。 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦，而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题，于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程 序。 为了描述基因匹配的原理，我们需要先定义子序列的概念：若从一个DNA序列（字符串）s中任意抽取一些碱基（字符），将它们仍按在s中的顺序排列成一个新 串u，则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2，如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列，则称u是s1和s2的公共子序列。 卡卡已知两个DNA序列s1和s2，求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。 [任务] 编写一个程序：  从输入文件中读入两个等长的DNA序列；  计算它们的最大匹配；  向输出文件打印你得到的结果。

Input

输入文件中第一行有一个整数N，表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基，以后将它们编号为1…N的整数。 以下还有两行，每行描述一个DNA序列：包含5N个1…N的整数，且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。

Output

输出文件中只有一个整数，即两个DNA序列的最大匹配数目。

Sample Input

2
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1

Sample Output

7

HINT

[数据约束和评分方法]
60%的测试数据中：1<=N <= 1 000
100%的测试数据中：1<=N <= 20 000

Source

 

 

 

【思路】

       DP+树状数组。

       计算最长公共子序列的朴素算法时间为O(n^2)。

       注意到题目中每个数字都会出现5次的特点：记录5个数字分别出现的位置pos[][5]，扫描b序列，对于b[i]找到在a中与其对应数字的5个位置，该5个位置都可以被b[i]更新，转移式为：

       f[k]=max{f[j]},1<=j<=k-1

       计算区间最大值可以用Fenwick tree简单实现。

　　 注意到j的枚举必须是倒序的，防止覆盖。

 

【代码】

#include<cstdio>
#include<iostream>
using namespace std;

const int maxn = 100000+10;

int f[maxn],pos[maxn][6],a[maxn],b[maxn];
int n;

int c[maxn];
int lowbit(int x) { return x&(-x); }
void update(int x,int v) {
    while(x<=n)
        c[x]=max(c[x],v) , x+=lowbit(x);
}
int query(int x) {
    int ans=0;
    while(x)  ans=max(ans,c[x]) , x-=lowbit(x);
    return ans;
}

int main() {
    scanf("%d",&n);
    n*=5;
    for(int i=1;i<=n;i++) {
        scanf("%d",&a[i]);
        pos[a[i]][++pos[a[i]][0]]=i;
    }
    for(int i=1;i<=n;i++) scanf("%d",&b[i]);
    int ans=0;
    for(int i=1;i<=n;i++)
        for(int j=5;j;j--) { 
            int k=pos[b[i]][j];
            f[k]=max(f[k],query(k-1)+1);
            update(k,f[k]);
            ans=max(ans,f[k]);
        }
    printf("%d\n",ans);
    return 0;
}