关于网站安全性的问题

   由于问题比较紧迫，暂时在首页上放会儿，请dudu见谅。
   最近网站频繁出现病毒，也就是在首页上会被插入一段恶意的js代码或iframe框架，在状态栏上出现一些莫名其妙的链接，该网站在允许用户上传图片，这些扩展名等都已经控制。我查了代码，也没有发现哪里有异常情况。
     情急之下，只好求救于园子里的各位大侠了。还有哪些情况，可以导致页面被修改？