19-有参转录组实战5-差异基因分析

#本教程仿自于B站的15天入门生物信息视频，若有疑惑请以视频为准。若侵请联系删除。

#新开个文件夹，DE，把gene.count.matrix文件丢进里面，编写分组文件group.txt：

WT    WT1
WT    WT2
WT    WT3
OE    OE1
OE    OE2
OE    OE3

#编写组比较compare.txt文件，这里是前面比后面：

OE    WT

#我们后面需要用到Trinity软件包里面的一个文件，我们先下载

conda create -n Trinity#创建环境
conda install -n Trinity -c bioconda trinity#在这个环境中安装软件

#我们看看这个地址中是否有文件"~/miniconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl"。

#进入R环境

source activate R

#然后输入命令：

perl ~/miniconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl \
    --matrix genes.counts.matrix \
    --method DESeq2 \
    --samples_file group.txt \
    --contrasts compare.txt

#结果文件夹是DESeq2.1272686.dir，里面的OE_vs_WT.DESeq2.DE_results就是我们需要的，其它的都不要：

#我们打开文件后，整理成三列，如下，并将文件命名为NOT_DE.txt：

#我们需要做一个筛选条件，LOG2FoldChange>=1，padj<0.05，用一个awk命令搞：

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2FC=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2FC>=1 && $3<0.05) print $0;}}' NOT_DE.txt > DE_genes_filter.txt

#查看最终结果，拉到最后，符合筛选结果：