12-Linux系统上安装aspera并用其批量高速下载转录组数据

 

#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据，现在使用conda进行安装

conda install -c hcc aspera-cli -y

#检查是否安装成功，有东西出来就行

ascp -h

#另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中，务必确认该文件的位置。

#我们看看NCBI上面有什么样的转录组，在官网上打好毛果杨拉丁名，选择SRA搜索，我选了这个，点进去看看

 

#看到工程号，复制这个号，顺便看看别的一些信息，了解该转录组，看到这个是过表达了个PtrVCS2，在PUBMED搜下，文章发表在IJMS，DOI: 10.3390/ijms24054458。

 

#复制工程号后，在ENA网站（https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home），搜索

 

#往下拉，找到TSV，下载文件

 

#看见文件里面有每个SRR的下载地址，如果是单个文件下载的话，命令如下，下载到当前文件夹，速度居然有280Mb/s，学校服务器真强：

ascp -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i \

~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \

era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR229/051/SRR22954651/SRR22954651_1.fastq.gz./

 

 

#但是不可以这么笨笨哦，要学会批量下载。将刚刚下载的TSV文件整理成以下的样子，每行后面留一个空格，并且最后留一行空行出来，命名为id.txt：

 

#将id.txt传到linux系统中，批量生成命令行，输出文件command_ascp.sh：

awk '{print "ascp -vQT -l 500m -P33001-k 1 -i ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@"$1" ./ &"}'id.txt > command_ascp.sh

#查看一下这个command_ascp.sh文件：

 

#在工作文件夹中，运行这个脚本，并挂载后台，记得两次enter：

nohup sh command_ascp.sh &

 

 

#最后看看结果，3个实验组，3个对照组，双端测序，共12个文件

 

#一定要自己看懂理解代码，不可以照抄，aspera的教程有很多，有问题就百度吧。

 

#妖精的旋律~