2-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast

 

 

下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定：

1，下载

在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download”

点击进入ftp下载地址，选择自己电脑合适版本的blast工具，这下载好慢呀

 

2，安装并准备好文件

安装好后，进入名为“bin”的文件夹，我用2.11版本的blast举例，由前人的文献我们知道了拟南芥的全部bZIP转录因子，我们想要知道毛果杨中的bZIP转录因子，其中一种方法就用拟南芥的bZIP成员进行blast比对。首先将这些拟南芥的bZIP转录因子的蛋白序列提取整理好成fasta格式的文件，将提取好的毛果杨4.0版本的全部蛋白质，二者都拷贝一份到这个bin文件夹，文件命名不要有空格和中文。

 

3，操作

在电脑的左下方，输入cmd，进入命令提示符：

 

我的bin文件夹的地址是D:\ncbi-blast-2.11.0\blast-2.11.0+\bin，所以我先进入D盘，输入命令：

D：

 

再输入命令，进入bin文件夹：

cd ncbi-blast-2.11.0\blast-2.11.0+\bin

 

再对毛果杨的全部蛋白建库，生成dbname中间文件，命令：

makeblastdb -in Ptrichocarpa_533_v4.1.protein.fasta -dbtype prot -out dbname

再用拟南芥的bZIP转录因子的作为比对序列，进行blast比对，并输出seq.blast的结果文件：

blastp -query Arabidopsis_bzip.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4

等待约20s，结束了

 

我们看回bin文件夹，会多出一些文件，包括seq.blast结果文件，用excel打开它并保存为excel的格式

结果：

 

blastn的用法，例子如下：
blastn -query AtGSTcds.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -task blastn

更多关于blast的教程和结果解读分析，可以自行百度，网上的教程非常多。

 

 

#bojack horseman~