深入理解 OpenFOAM 环境变量与编译

操作系统选择

由于 OpenFOAM 在 Linux 平台开发和测试，在非 Linux 平台无法直接对软件进行编译和安装，所以在非 Linux 平台上最简便方法是使用 docker 容器运行 OpenFOAM。下面主要介绍在 Linux 平台上 OpenFOAM 源程序编译安装过程。

环境变量

在 OpenFOAM 编译和运行时，需要设置多个环境变量。在源程序路径 ${FOAM_DIR}/etc 下，脚本文件 bashrc 包含了软件编译和运行所需的所有环境变量的设置，可以直接通过 source 命令加载。

为什么要用 source 命令？

在 OpenFOAM 中，bashrc 其实是一个 shell 脚本，这个脚本里定义了所需的环境变量。在 Linux 环境中，执行 shell 脚本有多种形式。以 bash 脚本为例，首先可以通过新开启一个 shell 并在新的环境中运行脚本，这种方式可以用 bash 命令执行此脚本，或者在脚本第一行添加 #!/bin/bash 说明执行脚本的程序，随后添加执行权限后直接执行此脚本。

$ bash ${FOAM_DIR}/etc/bashrc # bash 命令执行
$ ${FOAM_DIR}/etc/bashrc # 直接执行

这两种方法执行效果是相同的，当新的 shell 运行脚本完毕后再返回当前环境，此时当前 shell 的工作环境是未变的，也就是说执行完毕后是无法看到 bashrc 脚本内定义的环境变量。

另外一种方式就是在当前 shell 环境中执行此脚本，这时在脚本名前使用 . 或者 source 命令，如下所示。

$ . ${FOAM_DIR}/etc/bashrc # 使用 . 执行
$ source ${FOAM_DIR}/etc/bashrc # 使用 source 命令执行

此时脚本内定义的变量或所做的修改都会直接添加到当前 shell 环境内，这种方式才是正确加载 OpenFOAM 环境变量方法。

在 bashrc 脚本中定义了多个变量，按照编译、运行和第三方函数库相关可以分为三类。

  1. 与编译相关的 WM_XXX 变量
WM_THIRD_PARTY_DIR=$HOME/OpenFOAM/ThirdParty-1.6.x # 第三方函数库路径
WM_PROJECT_INST_DIR=$HOME/OpenFOAM 
WM_PROJECT_DIR=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x # 源程序路径
WM_DIR=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/wmake # 
WM_PROJECT_USER_DIR=$HOME/OpenFOAM/$USER-1.6.x # 用户路径

WM_PRECISION_OPTION=DP # 精度设置
WM_ARCH_OPTION=64 # 
WM_LINK_LANGUAGE=c++ # 链接器
WM_ARCH=linux64 # 平台架构
WM_CXXFLAGS=-m64 -fPIC # c++ 编译器参数
WM_CFLAGS=-m64 -fPIC # c 编译器参数
WM_PROJECT_VERSION=1.6.x # 版本
WM_COMPILER_LIB_ARCH=64 #
WM_CXX=g++ # c++ 编译器
WM_COMPILER_ARCH= 
WM_PROJECT=OpenFOAM # 工程名
WM_LDFLAGS=-m64 # 链接器参数
WM_COMPILER=Gcc # 编译器
WM_MPLIB=OPENMPI # MPI 函数库
WM_CC=gcc # C 编译器
WM_COMPILE_OPTION=Opt # 编译选项
WM_OPTIONS=linux64GccDPOpt # 编译设置
  1. 与运行相关的 FOAM_XXX 变量
FOAM_SOLVERS=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/applications/solvers
FOAM_APPBIN=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/applications/bin/linux64GccDPOpt
FOAM_TUTORIALS=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/tutorials
FOAM_JOB_DIR=$HOME/OpenFOAM/jobControl
FOAM_LIB=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/lib
FOAM_SITE_APPBIN=$HOME/OpenFOAM/site/1.6.x/bin/linux64GccDPOpt
FOAM_MPI_LIBBIN=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/lib/linux64GccDPOpt/openmpi-1.3.3
FOAM_APP=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/applications
FOAM_SITE_LIBBIN=$HOME/OpenFOAM/site/1.6.x/lib/linux64GccDPOpt
FOAM_SRC=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/src
FOAM_SIGFPE=
FOAM_UTILITIES=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/applications/utilities
FOAM_USER_LIBBIN=$WM_PROJECT_USER_DIR/lib/linux64GccDPOpt
FOAM_INST_DIR=$HOME/OpenFOAM
FOAM_LIBBIN=$HOME/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6.x/lib/linux64GccDPOpt
FOAM_RUN=$WM_PROJECT_USER_DIR/run
FOAM_USER_APPBIN=$WM_PROJECT_USER_DIR/applications/bin/linux64GccDPOpt
  1. 第三方库相关变量
MPI_ARCH_PATH=$HOME/OpenFOAM/ThirdParty-1.6.x/openmpi-1.3.3/platforms/linux64GccDPOpt
ParaView_INST_DIR=$HOME/OpenFOAM/ThirdParty-1.6.x/paraview-3.6.1
OPAL_PREFIX=$HOME/OpenFOAM/ThirdParty-1.6.x/openmpi-1.3.3/platforms/linux64GccDPOpt
ParaView_DIR=$HOME/OpenFOAM/ThirdParty-1.6.x/paraview-3.6.1/platforms/linux64Gcc
PARAVIEW_DIR=/opt/packages/Paraview3
ParaView_VERSION=3.6.1
MPI_HOME=$HOME/OpenFOAM/ThirdParty-1.6.x/openmpi-1.3.3

在正确设置上述环境变量后，即可对 OpenFOAM 源程序进行编译，并运行对应的求解器和工具。

编译系统

在大型程序编译与安装过程中，通常使用 make 和 cmake 等工具构建。在 OpenFOAM 中，使用的是 wmake 脚本进行编译，所在位置为 ${FOAM_DIR}/wmake/wmake。
查看此脚本可以发现，其编译是基于 make 修改，但是提供了针对 OpenFOAM 不同模块更灵活的特性，具体可参考网站[1]。

wmake 编译

在 Linux 平台编译软件时，通常需要给定一些编译和优化参数。在使用 wmake 编译时，编译脚本会则根据环境变量会加载对应的参数设置脚本进行编译。

在 OpenFOAM 中，编译参数设置文件所在路径为 ${FOAM_DIR}/wmake/rules/<Rules>，其中 <Rules> 成为编译规则，与环境变量中定义的编译平台、架构、编译器设置有关。
编译规则的定义在脚本 ${FOAM_DIR}/wmake/rules/General/general 中，查看脚本最后几行

$ tail -n 20 ${FOAM_DIR}/wmake/rules/General/general
COMPILER_TYPE   = $(shell echo $(WM_COMPILER) | tr -d [:digit:])
DEFAULT_RULES   = $(WM_DIR)/rules/$(WM_ARCH)$(COMPILER_TYPE)
RULES           = $(WM_DIR)/rules/$(WM_ARCH)$(WM_COMPILER)
WMAKE_BIN       = $(WM_DIR)/platforms/$(WM_ARCH)$(WM_COMPILER)

......

include $(DEFAULT_RULES)/general
include $(DEFAULT_RULES)/c++
sinclude $(RULES)/general
sinclude $(RULES)/c++
include $(GENERAL_RULES)/transform

其中 DEFAULT_RULES 和 RULES 为定义的两个编译规则变量，可以看出编译规则名称由平台 $(WM_ARCH) 和编译器 $(WM_COMPILER) 组成。
DEFAULT_RULES 和 RULES 变量的区别主要在于，前者中删除了 WM_COMPILER 中包含的所有数字，而默认加载的是 DEFAULT_RULES 路径下编译设置文件。
为了保证在定义规则时能够添加数字，可以修改 DEFAULT_RULES，使其与 RULES 定义完全相同。
在加载脚本指令中，#sinclude 为 OpenFOAM 自定义的宏指令。与 #include 主要区别在于，当加载文件不存在时不会报错并退出[2]。

当使用某个编译规则编译完成后，生成中间文件 *.o 的路径为 ${FOAM}/build/$(DEFAULT_RULES)，而可执行程序的路径为 ${FOAM}/platforam/<makeRule>。
这些路径的定义都包含在了环境配置文件 ${FOAM}/etc/bashrc 中 ，并且还将可执行程序路径自动添加到 PATH 变量内，从而可以直接运行 OpenFOAM 工具和求解器。

由于 wmake 是基于 make 命令实现的，因此其也具有自动推导功能。当对某个特定源程序文件进行修改后，wmake 只会重新编译包含与此文件相关的模块。

wmake 使用

1. 编译文件结构

在使用 make 编译源程序时，需要在 makefile 中指定编译指令，并提供引用的头文件和动态链接库位置。当使用 wmake 脚本时，则仅按照一定规则配置说明文件即可。

在 OpenFOAM 每个模块内，源程序文件后缀为 .C，头文件后缀为 .H。为了提供编译所需的信息，在文件夹内必须同时包含 Make 文件夹，内含 files 和 options 两个设置文件。以 icoFoam 求解器为例，其编译文件结构为

icoFoam
├── createFields.H
├── icoFoam.C
└── Make
    ├── files
    └── options

在 files 文件内，包含了进行编译程序全路径和名字（EXE 变量）。关于安装路径可以提供两种形式，一个是标准路径，编译好的求解器储存在 $FOAM_APPBIN，也可以保存在用户自己的路径 $FOAM_USER_APPBIN 中。在 icoFoam 求解器中，配置文件files 内容如下所示，其中 EXE 变量说明了需编译生成可执行程序，当目标为动态链接库时使用 LIB 变量。

$ cat icoFoam/Make/files 
icoFoam.C

EXE = $(FOAM_APPBIN)/icoFoam

options 文件内指定了模块需要连接的头文件和链接库，其中头文件使用 EXE_INC 和 -I 关键字进行指定，而连接库则需要用 EXE_LIBS 和 -L/-l 等指定。在 icoFoam 求解器中 options 文件的内容为

$ cat icoFoam/Make/options 
EXE_INC = \
    -I$(LIB_SRC)/finiteVolume/lnInclude \
    -I$(LIB_SRC)/meshTools/lnInclude

EXE_LIBS = \
    -lfiniteVolume \
    -lmeshTools

2. 模块编译

在 OpenFOAM 中，对特定模块编译时，需要进入模块上一层目录下，使用 wmake + <模块名> 进行编译。在 wmake 命令运行时，可以通过增加 -j 参数可以启用并行编译指令。当需要对 OpenFOAM 全部代码进行编译时，可以直接运行源程序目录下 Allwmake 脚本。

当需要删除特定求解器和动态库时运行 wclean 命令，若需将全部求解器和动态库，加 -all 参数。

自定义编译规则：Intel-2019

在本节中，将定义一个新的编译规则，设置采用 intel 2019.5.281 版本编译器和 MPI 函数库进行编译，并对编译设置文件进行相应修改。

为了在编译后，能够通过加载单独的 bashrc 脚本来使用不同的 OpenFOAM 可执行程序，可以复制一份 bashrc 文件的拷贝 bashrc-intel-19，并在此文件中修改 WM_COMPILER=Intel-19。此时自定义编译规则名为 linux64Intel-19。

在使用默认参数对 OpenFOAM 编译后，生成可执行程序使用的是 SSE 指令集。随着新一代 CPU 开始提供浮点性能更高的 AVX 系列指令集，可以通过修改编译参数，使求解器使用 AVX 指令集。

这时，需要在新的编译配置文件中进行修改。为此，复制目录 ${FOAM_DIR}/wmake/rules/linux64Icc，并将目录名称修改为 ${FOAM_DIR}/wmake/rules/linux64Intel-19 作为编译规则配置文件。
在此目录下 c 和 c++ 两个文件包含了编译器的基本设置，在Opt、Debug、Prof等后缀的对应文件内，定义了不同优化设置 WM_COMPILE_OPTION 时使用的参数。
为使用 Intel 2019.5.281 版本编译器，可以修改 c和 c++ 文件中 CC 变量的值为 icc 和 icpc。为了省去在编译时指定对应的 MPI 头文件和动态链接库的位置，也可以直接用 mpiicc 和 mpiicpc 分别作为 C/C++ 程序编译器。
在对第三方函数库进行编译时，使用的编译器由 WM_CC 和 WM_CXX 变量提供，因此还需要在配置文件 bashrc-intel-19 中，添加这两个变量的定义。

$ echo 'export WM_CC=icc' >> ${FOAM_DIR}/etc/bashrc-intel-19
$ echo 'export WM_CC=icpc' >> ${FOAM_DIR}/etc/bashrc-intel-19

设置完毕后，加载新的环境配置文件 ${FOAM_DIR}/etc/bashrc-intel-19，再运行Allwmake 脚本，即可生成按照自定义规则编译的二进制程序。

  1. https://cfd.direct/openfoam/user-guide/v7-compiling-applications/ ↩︎

  2. https://www.openfoam.com/documentation/guides/latest/api/classFoam_1_1functionEntries_1_1sincludeEntry.html ↩︎

posted @ 2020-04-11 20:30  li12242  阅读(5637)  评论(0)  编辑  收藏  举报