Digital-LI

摘要： 2023年06月19日 注意基因组的版本，基因的坐标是完全不一样的，区别human和mouse。 # cd ~/tmpData/ApcKO_cellranger/cellranger_report/ # human hg38 chr6:15246069-15522042 # mouse GRCm39 阅读全文

摘要： 必知概念： 免疫微环境 scTCR-seq immune checkpoint blockade (ICB) 参考： Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in 阅读全文

摘要： 想站在巨人的肩膀上，首先得了解巨人。 MBBS即Bachelor of Medicine, Bachelor of Surgery，即双学位two bachelor degrees in medicine and surgery，中文为，内外全科医学士。是起源于英国的一种医学生培养体系，在香港属于精 阅读全文

摘要： 契丹辽国、大宋、燕国、西夏 刷一下2003年的胡军版 EP01 一群黑衣人偷袭萧远山全家，最终萧远山老婆被杀，萧远山跳崖，留下婴儿萧峰给黑衣人。转眼成人乔峰（萧峰）就是英雄了，单人打走帝国军队，在丐帮立功。 五代后燕的慕容复找官员讨要所买军备，不料被黑，气杀狗官。表妹安慰，被直男拒绝。 丐帮想要乔峰 阅读全文

摘要： 从一则新闻开始：19岁华裔天才辍学MIT，创办AI独角兽，5年市值73亿美元！ scale AI: https://scale.com/，一个靠机器来标注数据、洗数据的公司。现在真的是什么都敢贴AI的标签了。 关于国内的数据标注公司： 2020数据标注公司排行 觉醒向量 数据标注公司运营篇： 如何运 阅读全文

摘要： 主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列，如果工具使用不熟还是挺烦的，容易搞错或者放大工作量。 最简单的方法： 以PKM为例，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315 click "Tools" - "Sequence Text View" 然后就可 阅读全文

摘要： 立了一个小目标，码代码的间隙刷一些有名的电视剧，尤其是中国四大名著，还有金庸的武侠小说。 为什么要刷名著？说大一点，一个民族/国家的核心是他们的文化，即他们的道德观、思考方式、做事逻辑。另一个就是该民族/国家的历史，即其内部或者外部的恩怨情仇。不同民族/国家的文化和历史差异巨大，这也是如今种族主义/ 阅读全文

摘要： 笑傲江湖描述的就是ZZ和职场，都是人与人的斗争。 碎碎念： 不管在哪，权力都是倒三角型的，权力就是资源的绝对控制，就是强制支配。 少年与恶龙，谁不是带着梦想走进科学的世界，可是最终又有几个能触及到自己的梦想。最后不是被权力支配，就是成了恶龙支配别人。 想做和能做是两回事！如果只做想做的事，那你可能活 阅读全文

摘要： 探究遗传对寻找药物靶点的影响 think big 医学，肯定是以疾病为对象，每个医生都有自己专长负责的疾病，唯一的目标就是治愈或者缓解疾病。 生物医学，则是从基础研究的角度来研究疾病（表型），还有更纯粹的基础研究，都是为研究疾病做铺垫。这是市场选择的结果，医学的核心是治病，不是娱乐业让人快乐。 想象 阅读全文

摘要： 进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子，比如HDAC1 选择物种，以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结： 适合辅助分析， 阅读全文

摘要： 单细胞RNA数据怎么玩，不做这个fancy的分析就太out了，必须做，且必须扯。 先看看别人怎么玩的： 对应section：Activation of Unique Gene-Regulatory Networks (GRNs) Underlies Regenerative Competence i 阅读全文

摘要： 类似之前的EZH2和HDAC1，但更复杂一点。 一些缩写： RNA-binding proteins (RBPs)RNA-binding domains (RBDs) RNA recognition motif (RRM) hnRNP K-homology (KH) domains 目的：找PTBP 阅读全文

摘要： 前篇：EZH2 | Ezh2 | 组蛋白甲基化酶/组蛋白甲基转移酶 | 关键调控因子 类似Ezh2，都是比较火爆的核心调控因子，与多种疾病和通路有关，可以搜到很多文章都围绕它来讲故事。 目的：鉴定出HDAC1激活和抑制的靶基因。 老套路： HDAC1上调，则其激活的target genes必然也会上 阅读全文

摘要： 之前文章：PD-1/PD-L1 | 肿瘤免疫疗法 | 免疫系统 刚打了疫苗，很感兴趣疫苗是如何一步一步激活免疫系统，形成抵抗力的。为什么要21天之后再打第二针？为什么要肌肉注射？ 免疫系统是如何区分自我和非我的？如何识别抗原的结构特征的？先天免疫和后天免疫的区别？ 新冠病毒为什么这么难搞？痛点在哪里 阅读全文

摘要： 目录 干细胞疗法 成功应用领域 间充质干细胞 造血干细胞治疗白血病 MSC干细胞治疗糖尿病足 间充质干细胞 MSC优势 来源广 易获取 免疫反应低/抗原性低 局部注射风险极低，血液注射风险相对较高 MSC干预机制 定向分化 MSC分泌细胞因子 MSC抑制炎症细胞因子分泌 糖尿病是一种胰岛功能障碍或胰 阅读全文

摘要： 2024年01月18日 什么是纳米颗粒靶向静脉递送系统？ 脂质纳米颗粒（Lipid nanoparticle, LNP） 2024年01月18日 抗体本来属于免疫学的内容，但因为应用过于广泛，所以必须学习。 大家都知道抗体就是与抗原特异结合的大蛋白，也知道抗体的Y型结构，那具体结构是如何呢？ 几个问 阅读全文

摘要： 2023年05月01日 ID转换，一行搞定 library(org.Mm.eg.db) # mouse library(org.Hs.eg.db) # human library(clusterProfiler) gene.df <- bitr(genes, fromType = "SYMBOL", 阅读全文

摘要： Insilico Medicine (“英矽智能”) 官网：https://insilico.com/ 该领域龙头企业：https://www.schrodinger.com/ 2021年12月14日更新 参考：独家对话英矽智能CEO、CSO：AI新药首进「临床试验」，能否改写药物发现史？ 我的看法 阅读全文

摘要： 2021年08月24日 更新 给每个exon编排序号，方便管理 cat gencode.v37.annotation.gtf | grep ENSG00000011304 | cut -f1-5 | grep exon | sort -k 4 | uniq | less -S 更新：又用了一段时间， 阅读全文

摘要： 2023年03月20日 快速取类似venn的unique和share peaks module load bedtools2-2.27.1-gcc-5.4.0-iouh4nk bedtools intersect -a HDAC1.merged.narrowPeak -b HDAC2.merged. 阅读全文