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都有哪些玩家？ 某个生物学方向（发育、免疫、癌症）的大佬，强在领域的深耕，先进的技术平台，能产生高质量的data，第一作者和通讯一般都是搞实验的，生信最多也就是个共一，文章容易冲击CNS。【掌握实验材料、临床样本、测序数据】 某个疾病（depression、SLE、HSCR）的遗传学家，主要就是借助 阅读全文
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还是跟小孩一样，喜欢玩，尤其是这种搭积木的游戏，其实真的没什么技术含量。 但科研分析是反标准化的，如果你的paper只是pipeline出来的，那最多也就3分。 有必要搭建流程吗？ 就一批小数据，那就随便搞，没必要标准化流程 经常拿到新data，那就可以考虑一下了，一键执行很快乐 公司级别的业务，持 阅读全文
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持续添加~ 基因组学 2020 - NRG - The road ahead in genetics and genomics 2019 - NRG - RNA sequencing: the teenage years 【中文导读】 2021 - Nature - Closing in on a 阅读全文
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2024年10月16日 clusterProfiler跑GSEA时，一些不显著的pathway会被过滤掉，但有时又确实需要，所以需要自己手动提取。 花了我一个小时写这个代码，核心就是从GSEA图里提取出数据，计算ES score，然后因为ES和NES正相关，用lm计算一下即可。 http://loc 阅读全文
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2023年05月31日 带小弟学习RNA-seq，以前自己的流程过于实用简单，缺乏了严谨性，现在正规的从头来一遍。 参考： RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战（二 阅读全文
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2023年11月09日 明确定义 CNV有两个方向：gain和loss Gene amplification (copy number gain) and deletion (copy number loss) are common in cancer cells and contribute to 阅读全文
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身高：180 目前体重： 目标体重：150斤 问题根源： 遗传基础 - 骨架修长、代谢旺盛 饮食习惯 - 吃得少 睡眠习惯 - 身体恢复不够 查看人体的主要肌群：Complete Anatomy - HKU免费 大肌群70%：胸背臀腿 小肌群30%：肩手腰，小腿 肌肉种类 红肌纤维I - 耐力，体积 阅读全文
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补充： ATAC-seq并没有比DNase-seq的peak质量好，只是起始量要求低，所以可以拓展到scATAC-seq。 DHS的peak和H3K27ac的比较相似，都是开放的，可以转录的区域。 epigenetic mark主要有四种： chromatin accessibility nucle 阅读全文
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为什么选择羽毛球？ 精通一门球类是必须的，锻炼反应力，提升竞技性 喜欢才能长久坚持 交友 姿势动作可以很帅 打发无聊时间 断断续续打羽毛球也有5年了，曾经也是痴迷过，茶不思饭不想的，但没有专业训练，实力也没有什么长进，最好还是请个教练指导一下。 羽毛球最终是一个强调协调、肌肉记忆、现场应变的体育游戏 阅读全文
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2023年06月19日 注意基因组的版本，基因的坐标是完全不一样的，区别human和mouse。 # cd ~/tmpData/ApcKO_cellranger/cellranger_report/ # human hg38 chr6:15246069-15522042 # mouse GRCm39 阅读全文
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必知概念： 免疫微环境 scTCR-seq immune checkpoint blockade (ICB) 参考： Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in 阅读全文
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想站在巨人的肩膀上，首先得了解巨人。 MBBS即Bachelor of Medicine, Bachelor of Surgery，即双学位two bachelor degrees in medicine and surgery，中文为，内外全科医学士。是起源于英国的一种医学生培养体系，在香港属于精 阅读全文
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契丹辽国、大宋、燕国、西夏 刷一下2003年的胡军版 EP01 一群黑衣人偷袭萧远山全家，最终萧远山老婆被杀，萧远山跳崖，留下婴儿萧峰给黑衣人。转眼成人乔峰（萧峰）就是英雄了，单人打走帝国军队，在丐帮立功。 五代后燕的慕容复找官员讨要所买军备，不料被黑，气杀狗官。表妹安慰，被直男拒绝。 丐帮想要乔峰 阅读全文
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从一则新闻开始：19岁华裔天才辍学MIT，创办AI独角兽，5年市值73亿美元！ scale AI: https://scale.com/，一个靠机器来标注数据、洗数据的公司。现在真的是什么都敢贴AI的标签了。 关于国内的数据标注公司： 2020数据标注公司排行 觉醒向量 数据标注公司运营篇： 如何运 阅读全文
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主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列，如果工具使用不熟还是挺烦的，容易搞错或者放大工作量。 最简单的方法： 以PKM为例，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315 click "Tools" - "Sequence Text View" 然后就可 阅读全文
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立了一个小目标，码代码的间隙刷一些有名的电视剧，尤其是中国四大名著，还有金庸的武侠小说。 为什么要刷名著？说大一点，一个民族/国家的核心是他们的文化，即他们的道德观、思考方式、做事逻辑。另一个就是该民族/国家的历史，即其内部或者外部的恩怨情仇。不同民族/国家的文化和历史差异巨大，这也是如今种族主义/ 阅读全文
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笑傲江湖描述的就是ZZ和职场，都是人与人的斗争。 碎碎念： 不管在哪，权力都是倒三角型的，权力就是资源的绝对控制，就是强制支配。 少年与恶龙，谁不是带着梦想走进科学的世界，可是最终又有几个能触及到自己的梦想。最后不是被权力支配，就是成了恶龙支配别人。 想做和能做是两回事！如果只做想做的事，那你可能活 阅读全文
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探究遗传对寻找药物靶点的影响 think big 医学，肯定是以疾病为对象，每个医生都有自己专长负责的疾病，唯一的目标就是治愈或者缓解疾病。 生物医学，则是从基础研究的角度来研究疾病（表型），还有更纯粹的基础研究，都是为研究疾病做铺垫。这是市场选择的结果，医学的核心是治病，不是娱乐业让人快乐。 想象 阅读全文
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进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子，比如HDAC1 选择物种，以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结： 适合辅助分析， 阅读全文
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单细胞RNA数据怎么玩，不做这个fancy的分析就太out了，必须做，且必须扯。 先看看别人怎么玩的： 对应section：Activation of Unique Gene-Regulatory Networks (GRNs) Underlies Regenerative Competence i 阅读全文