摘要：
搞生物医学的，肯定要先从结构和功能搞起，再深入分子机制的研究，这个研究的逻辑顺序是不可能被颠倒的。 现在在参与一个人类大脑类器官的项目【神经系统疾病】，自然要深入大脑发育中了。 这个疾病影响的是一个叫RTN的region，控制了孩童病人的呼吸。 先从零开始科普一下大脑的结构和功能： 大脑的分类有很多 阅读全文
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2022年07月19日 R4.1安装ggpubr出现了问题，要用conda先装一个nlopt # conda install -c conda-forge nlopt # conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) install.pa 阅读全文
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生物信息里面有几种典型的network： PPI，就是蛋白互做的网络，直接可以从STRING数据库下载； TF correlation network，就是根据转录组的数据来构建相关性； TF target network，SCENIC等就是做这个的； 自己构思有点难，那就开启写轮眼开始模仿吧。 这 阅读全文
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考：肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有 阅读全文
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2023年05月02日 还好没有走上纯生信的灌水之路，要扎扎实实的搞干湿结合，只有问题问好了、实验设计好了、数据测好了，生信才能迸发出高能的威力！ TCGA数据下载 基本的TPM表达数据 全网最全！TCGA新版数据下载与整理教程来了！来抄作业！ 单基因泛癌|CCLE数据下载及整理 从GTEX官网下载 阅读全文
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这里集合了人类目前几乎所有的生物医学的智慧，可以做的东西太多了，就怕你没想象力。 目前的初步想法： 给定gene、蛋白、pathway等主体，搜索其研究热度（文献总数，时间线，影响因子分布），在特定condition里的分布（disease、tissue、cell type），以及对应的研究手段（m 阅读全文
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问题： 单臂双臂三臂里面的单双三是什么意思？【多少臂就是有多少个实验组】 每种的用途【单：快速定性；双：疗效性是否合格；三：first in class测试】 引用：浅析|单臂双臂三臂临床试验 临床试验是以病人为研究对象的实验研究,临床试验是肿瘤流行病学研究中的常用方法,常用于评价抗肿瘤治疗方案,为 阅读全文
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IPA做得不错，但是收费，这里分析一下这个软件是怎么设计的，有哪些核心的数据和分析模块。 软件链接：QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (QIAGEN IPA) 软件价格：4万美金/年，一个普通的研究所/学院，每年发30篇10分以上的paper，那每篇的成本就是1万人 阅读全文
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背景回顾： 线性回归的基本概念，应用场景？ 回顾Coursera上ML的基本概念，什么是hypothesis？什么是cost function？什么是objective function？ LASSO回归的基本概念，跟普通回归有什么区别？解决了模型的哪些缺陷？ 构建LASSO回归模型的基本步骤？ P 阅读全文
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原始论文：Machine Learning on Human Muscle Transcriptomic Data for Biomarker Discovery and Tissue-Specific Drug Target Identification 基本常识： 什么是biomarker？Wh 阅读全文
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Excel也是表格，但是可视化非常不便，也难以修改，所以不适合收集某些信息。 需求举例：读文献，收集整理统计。 读文献不难，拿到原文就开始读，大部分时候读完就扔了，最多留个PDF，导入到Endnote里，过段时间就忘了； 进阶一点，专门写一篇blog，深入分析这篇文章，但这样还是难以系统性地整理过去 阅读全文
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从一篇文章开始的学习：Representation learning of RNA velocity reveals robust cell transitions 知乎上的通俗解释： 如果你想要用一种方式来说明一个人脸，你会怎么做呢？ 你可能会用一段话来表示：“这个人是国字脸，眼睛很小，鼻子……” 阅读全文
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目的：看懂荧光图 基本名词和英文： Blood vessels：血管 Four chambers Left/right atrium：左右心房 Left/right ventricle：左右心室 Interatrial septum：房间隔 Interventricular septum：室间隔 V 阅读全文
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实验室马上要开始做heart的单细胞空间转录组，需要提前了解一下基本的data。 废话不多说，先把示例数据和教程跑一遍，找找感觉。 参考：Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 样本制备 - 获取高质量数据的前提 参考： Visium Spatial Gene Express 阅读全文
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基本问题： RNA的起源、定位和意义 明确RNA的各种概念分类 各种RNA的基本结构和功能 意义 有一种学说：RNA是生命的起源。 先有鸡（DNA）还是先有蛋（蛋白质），好像都不太可能，那有没有可能先有RNA？桥接了DNA和蛋白质，RNA本身也是一种酶。 分类 首先按是否coding，分coding 阅读全文
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起因：知道BioNTech是搞mRNA的，但却不知道其是搞癌症mRNA疫苗起家的，有点惊讶。 问题： 除了传染病，还有哪些疾病能被疫苗预防？ 疫苗起预防作用的机制是什么？传统和新型 有哪些已上市或临床后期的明星疫苗？ 疫苗主要是利用了自身的免疫系统，伪造已知抗原，提前训练自身免疫系统，在真正面对抗原 阅读全文
摘要：
问题： 商业银行和投资银行的区别？ 顶部投行有哪些？为什么投行这么屌？ 投行一般分哪些部门？ 投行的职级怎么分？如何晋升？ 投行在金融圈里扮演的作用？ 生物医药跟投行有什么联系？ 九大行 Goldman Sachs - 高盛 JPMorgan Chase & Co - 小摩 Morgan Stanl 阅读全文
摘要：
基本问题： 医保目录和带量采购的区别？ 集采意味着什么？为什么要推行？ 集采对国家、对消费者和对药企分别有什么影响？ 如何分析每年医保目录的重点？ 中国生物医药市场总额，以及它们的支付途径？ 为患者减负的300亿由谁来买单？ 谈判失败的药品主要是什么？为什么失败？ 为什么恒瑞的药进了医保，股价仍然不 阅读全文
摘要：
问题： 什么是金融？目的是什么？包括哪些玩家？ 什么是资本？在真实世界发挥着什么样的作用？ 你对金融或者财经行业有多深的认知？买方和卖方各个职级的人每天都在干什么？ 什么是媒体和自媒体？在社会里起着什么样的角色？ 什么是视野和格局？如何自我构建？ 知识与信息的认知理论 通过某种渠道可以获取的知识和信 阅读全文
摘要：
问题： 买方和卖方的区别？举例说明 起源：为什么会出现卖方分析师？要他们干啥？为什么证券公司要花大价钱来搞自己的研究所？ 行业现状：什么是佣金分仓？基金在里面是什么角色？ 如何才能从众多分析师中脱颖而出？增加深度 为什么智库和产业专家很重要？人脉对分析师的重要程度？ 深入了解浑水做空瑞幸的报告 - 阅读全文