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问题： 什么是免疫细胞浸润？ 肿瘤组织里都有哪些细胞？有哪些免疫细胞？ 免疫细胞浸润分析的基本原理？相关性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸润评估常用的工具 什么是免疫浸润细胞？ 肿瘤浸润淋巴细胞（英语：Tumor-infiltrating lymphocytes，缩写T 阅读全文
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配色真的太重要了，配得好就是高雅大气，配不好就是东施乡村非主流。 好的配色都是靠经验的积累，不断地试错。 新手最保险的就是用RColorBrewer包，里面的有很多种配色，比较和谐。 library(RColorBrewer) myColors <- brewer.pal(8,"Set2") R中可 阅读全文
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偶然看到别人的NC的Supplementary Information做得非常规整，美观大气又简介，于是想模仿一下。 案例：Supplementary Figures and Tables - NC 写thesis时才发现，这个是题注做出来的，word - references - insert c 阅读全文
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2023年08月22日 热图只显示指定的基因，这个只有ComplexHeatmap能做到，但这个包是真的很复杂！！！ 参考：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/more-examples.html#visualize-ce 阅读全文
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目前已经算是入门级选手了，接下来可以考虑进阶一点。 训练一定要循序渐进，切不可盲目求快。 总结一下第一次HK100的“成功”经验吧！ 身体精神状态极好，大东山被拉爆恢复后的渴望，鬼手30km意犹未尽，再加上信仰和各种buff加成，我才成功了。 可行性分析：50km肯定没问题，那还不如走100km，有 阅读全文
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搞生物医学的，肯定要先从结构和功能搞起，再深入分子机制的研究，这个研究的逻辑顺序是不可能被颠倒的。 现在在参与一个人类大脑类器官的项目【神经系统疾病】，自然要深入大脑发育中了。 这个疾病影响的是一个叫RTN的region，控制了孩童病人的呼吸。 先从零开始科普一下大脑的结构和功能： 大脑的分类有很多 阅读全文
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2022年07月19日 R4.1安装ggpubr出现了问题，要用conda先装一个nlopt # conda install -c conda-forge nlopt # conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) install.pa 阅读全文
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生物信息里面有几种典型的network： PPI，就是蛋白互做的网络，直接可以从STRING数据库下载； TF correlation network，就是根据转录组的数据来构建相关性； TF target network，SCENIC等就是做这个的； 自己构思有点难，那就开启写轮眼开始模仿吧。 这 阅读全文
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考：肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有 阅读全文
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2023年05月02日 还好没有走上纯生信的灌水之路，要扎扎实实的搞干湿结合，只有问题问好了、实验设计好了、数据测好了，生信才能迸发出高能的威力！ TCGA数据下载 基本的TPM表达数据 全网最全！TCGA新版数据下载与整理教程来了！来抄作业！ 单基因泛癌|CCLE数据下载及整理 从GTEX官网下载 阅读全文
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这里集合了人类目前几乎所有的生物医学的智慧，可以做的东西太多了，就怕你没想象力。 目前的初步想法： 给定gene、蛋白、pathway等主体，搜索其研究热度（文献总数，时间线，影响因子分布），在特定condition里的分布（disease、tissue、cell type），以及对应的研究手段（m 阅读全文
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问题： 单臂双臂三臂里面的单双三是什么意思？【多少臂就是有多少个实验组】 每种的用途【单：快速定性；双：疗效性是否合格；三：first in class测试】 引用：浅析|单臂双臂三臂临床试验 临床试验是以病人为研究对象的实验研究,临床试验是肿瘤流行病学研究中的常用方法,常用于评价抗肿瘤治疗方案,为 阅读全文
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IPA做得不错，但是收费，这里分析一下这个软件是怎么设计的，有哪些核心的数据和分析模块。 软件链接：QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (QIAGEN IPA) 软件价格：4万美金/年，一个普通的研究所/学院，每年发30篇10分以上的paper，那每篇的成本就是1万人 阅读全文
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背景回顾： 线性回归的基本概念，应用场景？ 回顾Coursera上ML的基本概念，什么是hypothesis？什么是cost function？什么是objective function？ LASSO回归的基本概念，跟普通回归有什么区别？解决了模型的哪些缺陷？ 构建LASSO回归模型的基本步骤？ P 阅读全文
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原始论文：Machine Learning on Human Muscle Transcriptomic Data for Biomarker Discovery and Tissue-Specific Drug Target Identification 基本常识： 什么是biomarker？Wh 阅读全文
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Excel也是表格，但是可视化非常不便，也难以修改，所以不适合收集某些信息。 需求举例：读文献，收集整理统计。 读文献不难，拿到原文就开始读，大部分时候读完就扔了，最多留个PDF，导入到Endnote里，过段时间就忘了； 进阶一点，专门写一篇blog，深入分析这篇文章，但这样还是难以系统性地整理过去 阅读全文
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从一篇文章开始的学习：Representation learning of RNA velocity reveals robust cell transitions 知乎上的通俗解释： 如果你想要用一种方式来说明一个人脸，你会怎么做呢？ 你可能会用一段话来表示：“这个人是国字脸，眼睛很小，鼻子……” 阅读全文
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目的：看懂荧光图 基本名词和英文： Blood vessels：血管 Four chambers Left/right atrium：左右心房 Left/right ventricle：左右心室 Interatrial septum：房间隔 Interventricular septum：室间隔 V 阅读全文
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实验室马上要开始做heart的单细胞空间转录组，需要提前了解一下基本的data。 废话不多说，先把示例数据和教程跑一遍，找找感觉。 参考：Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 样本制备 - 获取高质量数据的前提 参考： Visium Spatial Gene Express 阅读全文
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基本问题： RNA的起源、定位和意义 明确RNA的各种概念分类 各种RNA的基本结构和功能 意义 有一种学说：RNA是生命的起源。 先有鸡（DNA）还是先有蛋（蛋白质），好像都不太可能，那有没有可能先有RNA？桥接了DNA和蛋白质，RNA本身也是一种酶。 分类 首先按是否coding，分coding 阅读全文
