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最近听了一下华大王崇志老师讲多组学分析【科技君-BGITech】，印象很深刻，很多方法论的东西觉得很有意思，没有吃透，这里再花时间好好整理一下。 华大人思想还是很深刻的，但做研究就容易过于肤浅，还是需要好好设计实验，产生好的数据才能做好分析。 为什么要搞多组学？大一统的野心 为什么生物医学大家都在玩 阅读全文
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2022年12月15日 需要快速检测某文章cut&run的antibody的特异性，要下载SRA的raw data，看比对率。 如何下载SRA数据，快速，高效？ 找到数据的SRA链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA589292，选择进入Ru 阅读全文
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2023年02月09日 Note：要在包里加入新的data，就必须同名，在R里的名字要和文件名一模一样，否则会报错。（Error: 'mouse.house.keeping.gene' is not an exported object from 'namespace:bt2m'） 2023年01月 阅读全文
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因为没有在这一行真正干过，所以一些基本概念还不是很明确，这里作一个梳理。 看本领域的遗传学综述有感：The Emerging Genetic Landscape of Hirschsprung Disease and Its Potential Clinical Applications 问题： 什 阅读全文
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问题： Trios分析的基本原理和假设 Trios分析应用的场景？ Trios与其他方法相比的优缺点 Trios研究的经典案例 Trios分析的基本原理和假设 从医院的病例开始，我们收集了一些特病表型的病人，不知道致病原因pathogenesis，有可能是遗传病genetic，也有可能是外在因素导致 阅读全文
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2023年02月02日 博士的NC文章，被怼的最厉害的就是不够causal，这也是生信起手，有实验但又不深的缺点。 所以，单基因操纵是必须得，建立单基因与phenotype的关系； 同时，双基因操纵也是必须的，阐述两个基因之间的关系； 重点关注基础医学的实验设计：GWAS、疾病的分子机理的研究。 只 阅读全文
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以后，随着自己课题组建立起来，数据不断积累，良好的管理系统就必不可少了。 关键点： 测序raw data的存储与初步分析 下游分析processed data的存储与分析 数据的深入解读和分析 数据的统一注释 google：multi omics data management platform 有 阅读全文
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2023年01月05日 研究小鼠必备！！！ 没有这个Cre/LoxP系统，研究将无法具体（in vivo太泛），无法在特定时间里精准地在特定细胞里进行基因操纵，完美适配sorting，有了它，我们将指哪打哪，打哪指哪！！！ 小鼠 + 谱系追踪 + 基因操纵，Cre-loxP真是神奇，同类的诺奖技术转 阅读全文
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PS拼图： 设置画布大小和分辨率（17.78cm x 22.86cm，600） 现在高分的干湿结合的paper肯定是多人合作的，然后最终结果汇总到一个大佬手上开始整合写作。 版本管理问题： 高分的paper肯定是要改几个版本的，我的HSCR的paper最少大改了3次，最后回溯到倒数第二个版本 文本对 阅读全文
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最近还是容易搞混，尤其是人鼠对比时，对人的发育线的认知非常混乱： 问题: 什么是PCW？关键的PCW节点有哪些？Post-conceptual age，这是个绝对值，7-8 PCW约等于E14，特征是ENS已覆盖gut的全部区域。 Carnegie stages是什么？对最早期的三个过程的划分 Th 阅读全文
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2023年06月08日 gRNA设计是CRISPR基因编辑的核心，KO比较简单，可选择的gRNA很多，而对于需要指定locus的编辑，如CRISPRa, CRISPRi, base editing等，可选择的就很少。 可以选择现成的工具：https://portals.broadinstitute. 阅读全文
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2024年01月19日 今天刚发现一个注释神器，scAnnotatR scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data - 2022 - BMC Bioinformat 阅读全文
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问题： 什么是ontology？ ontology的目的是什么？ 生物医学里有哪些必须知道的ontology？ 主流的Atlas有哪些？ gene disease cell tissue Medical Subject Headings (MeSH) https://meshb.nlm.nih.go 阅读全文
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有：注射给药，灌胃给药，口服，鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等，选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式： 皮下注射（Subcutaneous Injections，SC） 皮内注射（Intradermal Injecti 阅读全文
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问题： 什么是预后模型，目的是什么？ 如何构建预后模型？ 医学发展的阶段 经验医学 循证医学 Evidence-based medicine 精准医学 临床预测模型包括诊断模型（Diagnosticmodels）和预后模型（Prognostic Models） 诊断模型关注的是基于研究对象的临床症状 阅读全文
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问题： 什么是免疫细胞浸润？ 肿瘤组织里都有哪些细胞？有哪些免疫细胞？ 免疫细胞浸润分析的基本原理？相关性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸润评估常用的工具 什么是免疫浸润细胞？ 肿瘤浸润淋巴细胞（英语：Tumor-infiltrating lymphocytes，缩写T 阅读全文
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配色真的太重要了，配得好就是高雅大气，配不好就是东施乡村非主流。 好的配色都是靠经验的积累，不断地试错。 新手最保险的就是用RColorBrewer包，里面的有很多种配色，比较和谐。 library(RColorBrewer) myColors <- brewer.pal(8,"Set2") R中可 阅读全文
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偶然看到别人的NC的Supplementary Information做得非常规整，美观大气又简介，于是想模仿一下。 案例：Supplementary Figures and Tables - NC 写thesis时才发现，这个是题注做出来的，word - references - insert c 阅读全文
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2023年08月22日 热图只显示指定的基因，这个只有ComplexHeatmap能做到，但这个包是真的很复杂！！！ 参考：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/more-examples.html#visualize-ce 阅读全文
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目前已经算是入门级选手了，接下来可以考虑进阶一点。 训练一定要循序渐进，切不可盲目求快。 总结一下第一次HK100的“成功”经验吧！ 身体精神状态极好，大东山被拉爆恢复后的渴望，鬼手30km意犹未尽，再加上信仰和各种buff加成，我才成功了。 可行性分析：50km肯定没问题，那还不如走100km，有 阅读全文