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2023年11月22日 居然到今天才开始了解10x多组学建库的原理,开始尝到这个技术的甜头了,有很多问题只有这个技术能够回答,比如表观的plasticity。 这里的多组学其实是multi-modal,即一个细胞同时测scRNA-seq和scATAC-seq,而不是单独测然后integarte,它们 阅读全文
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2023年02月06日 太nb了,今天居然才发现这个神器轮子,想法其实很简单,从各个格式里提取三个矩阵(count matrix,col anno, row anno),然后创建新的对象,自己也可以做,但人家封装好了,你只需要载入包,一行命令即可完成转换。h5ad格式很小,而且可以跟cellxgen 阅读全文
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大型Cancer数据库 TCGA ICGC 目前已知的oncogene 什么是oncogene?跟其在癌症中的表达量无关,而是作用,主动去激发cancer的gene才算,这些基因正常情况下都是有自己作用的(proto-oncogene),被mutated/over-expressed之后才变为onc 阅读全文
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英语真的不太行,阅读和写作没问题,听力和口语则严重拉胯。 表现在科研presentation上,则是汇报讲述时,水平一流;一旦被提问,则变成哑巴;最糟糕的,一旦聊起生活,更像个弱智,最简单的日常用语都不会表达。 我最终的目的: 日常能与人顺利交谈; 能做到接近完美的学术汇报; Native spea 阅读全文
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2022 - CMGH - A Proximal-to-Distal Survey of Healthy Adult Human Small Intestine and Colon Epithelium by Single-Cell Transcriptomics 2018 - GB - Cell 阅读全文
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最近听了一下华大王崇志老师讲多组学分析【科技君-BGITech】,印象很深刻,很多方法论的东西觉得很有意思,没有吃透,这里再花时间好好整理一下。 华大人思想还是很深刻的,但做研究就容易过于肤浅,还是需要好好设计实验,产生好的数据才能做好分析。 为什么要搞多组学?大一统的野心 为什么生物医学大家都在玩 阅读全文
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2022年12月15日 需要快速检测某文章cut&run的antibody的特异性,要下载SRA的raw data,看比对率。 如何下载SRA数据,快速,高效? 找到数据的SRA链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA589292,选择进入Ru 阅读全文
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2023年02月09日 Note:要在包里加入新的data,就必须同名,在R里的名字要和文件名一模一样,否则会报错。(Error: 'mouse.house.keeping.gene' is not an exported object from 'namespace:bt2m') 2023年01月 阅读全文
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因为没有在这一行真正干过,所以一些基本概念还不是很明确,这里作一个梳理。 看本领域的遗传学综述有感:The Emerging Genetic Landscape of Hirschsprung Disease and Its Potential Clinical Applications 问题: 什 阅读全文
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问题: Trios分析的基本原理和假设 Trios分析应用的场景? Trios与其他方法相比的优缺点 Trios研究的经典案例 Trios分析的基本原理和假设 从医院的病例开始,我们收集了一些特病表型的病人,不知道致病原因pathogenesis,有可能是遗传病genetic,也有可能是外在因素导致 阅读全文
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2023年02月02日 博士的NC文章,被怼的最厉害的就是不够causal,这也是生信起手,有实验但又不深的缺点。 所以,单基因操纵是必须得,建立单基因与phenotype的关系; 同时,双基因操纵也是必须的,阐述两个基因之间的关系; 重点关注基础医学的实验设计:GWAS、疾病的分子机理的研究。 只 阅读全文
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以后,随着自己课题组建立起来,数据不断积累,良好的管理系统就必不可少了。 关键点: 测序raw data的存储与初步分析 下游分析processed data的存储与分析 数据的深入解读和分析 数据的统一注释 google:multi omics data management platform 有 阅读全文
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2023年01月05日 研究小鼠必备!!! 没有这个Cre/LoxP系统,研究将无法具体(in vivo太泛),无法在特定时间里精准地在特定细胞里进行基因操纵,完美适配sorting,有了它,我们将指哪打哪,打哪指哪!!! 小鼠 + 谱系追踪 + 基因操纵,Cre-loxP真是神奇,同类的诺奖技术转 阅读全文
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PS拼图: 设置画布大小和分辨率(17.78cm x 22.86cm,600) 现在高分的干湿结合的paper肯定是多人合作的,然后最终结果汇总到一个大佬手上开始整合写作。 版本管理问题: 高分的paper肯定是要改几个版本的,我的HSCR的paper最少大改了3次,最后回溯到倒数第二个版本 文本对 阅读全文
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最近还是容易搞混,尤其是人鼠对比时,对人的发育线的认知非常混乱: 问题: 什么是PCW?关键的PCW节点有哪些?Post-conceptual age,这是个绝对值,7-8 PCW约等于E14,特征是ENS已覆盖gut的全部区域。 Carnegie stages是什么?对最早期的三个过程的划分 Th 阅读全文
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2023年06月08日 gRNA设计是CRISPR基因编辑的核心,KO比较简单,可选择的gRNA很多,而对于需要指定locus的编辑,如CRISPRa, CRISPRi, base editing等,可选择的就很少。 可以选择现成的工具:https://portals.broadinstitute. 阅读全文
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2024年01月19日 今天刚发现一个注释神器,scAnnotatR scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data - 2022 - BMC Bioinformat 阅读全文
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问题: 什么是ontology? ontology的目的是什么? 生物医学里有哪些必须知道的ontology? 主流的Atlas有哪些? gene disease cell tissue Medical Subject Headings (MeSH) https://meshb.nlm.nih.go 阅读全文
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有:注射给药,灌胃给药,口服,鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等,选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式: 皮下注射(Subcutaneous Injections,SC) 皮内注射(Intradermal Injecti 阅读全文
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问题: 什么是预后模型,目的是什么? 如何构建预后模型? 医学发展的阶段 经验医学 循证医学 Evidence-based medicine 精准医学 临床预测模型包括诊断模型(Diagnosticmodels)和预后模型(Prognostic Models) 诊断模型关注的是基于研究对象的临床症状 阅读全文