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问题: Trios分析的基本原理和假设 Trios分析应用的场景? Trios与其他方法相比的优缺点 Trios研究的经典案例 Trios分析的基本原理和假设 从医院的病例开始,我们收集了一些特病表型的病人,不知道致病原因pathogenesis,有可能是遗传病genetic,也有可能是外在因素导致 阅读全文
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2023年02月02日 博士的NC文章,被怼的最厉害的就是不够causal,这也是生信起手,有实验但又不深的缺点。 所以,单基因操纵是必须得,建立单基因与phenotype的关系; 同时,双基因操纵也是必须的,阐述两个基因之间的关系; 重点关注基础医学的实验设计:GWAS、疾病的分子机理的研究。 只 阅读全文
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以后,随着自己课题组建立起来,数据不断积累,良好的管理系统就必不可少了。 关键点: 测序raw data的存储与初步分析 下游分析processed data的存储与分析 数据的深入解读和分析 数据的统一注释 google:multi omics data management platform 有 阅读全文
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2023年01月05日 研究小鼠必备!!! 没有这个Cre/LoxP系统,研究将无法具体(in vivo太泛),无法在特定时间里精准地在特定细胞里进行基因操纵,完美适配sorting,有了它,我们将指哪打哪,打哪指哪!!! 小鼠 + 谱系追踪 + 基因操纵,Cre-loxP真是神奇,同类的诺奖技术转 阅读全文
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PS拼图: 设置画布大小和分辨率(17.78cm x 22.86cm,600) 现在高分的干湿结合的paper肯定是多人合作的,然后最终结果汇总到一个大佬手上开始整合写作。 版本管理问题: 高分的paper肯定是要改几个版本的,我的HSCR的paper最少大改了3次,最后回溯到倒数第二个版本 文本对 阅读全文
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最近还是容易搞混,尤其是人鼠对比时,对人的发育线的认知非常混乱: 问题: 什么是PCW?关键的PCW节点有哪些?Post-conceptual age,这是个绝对值,7-8 PCW约等于E14,特征是ENS已覆盖gut的全部区域。 Carnegie stages是什么?对最早期的三个过程的划分 Th 阅读全文
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2023年06月08日 gRNA设计是CRISPR基因编辑的核心,KO比较简单,可选择的gRNA很多,而对于需要指定locus的编辑,如CRISPRa, CRISPRi, base editing等,可选择的就很少。 可以选择现成的工具:https://portals.broadinstitute. 阅读全文
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2024年01月19日 今天刚发现一个注释神器,scAnnotatR scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data - 2022 - BMC Bioinformat 阅读全文
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问题: 什么是ontology? ontology的目的是什么? 生物医学里有哪些必须知道的ontology? 主流的Atlas有哪些? gene disease cell tissue Medical Subject Headings (MeSH) https://meshb.nlm.nih.go 阅读全文
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有:注射给药,灌胃给药,口服,鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等,选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式: 皮下注射(Subcutaneous Injections,SC) 皮内注射(Intradermal Injecti 阅读全文
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问题: 什么是预后模型,目的是什么? 如何构建预后模型? 医学发展的阶段 经验医学 循证医学 Evidence-based medicine 精准医学 临床预测模型包括诊断模型(Diagnosticmodels)和预后模型(Prognostic Models) 诊断模型关注的是基于研究对象的临床症状 阅读全文
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问题: 什么是免疫细胞浸润? 肿瘤组织里都有哪些细胞?有哪些免疫细胞? 免疫细胞浸润分析的基本原理?相关性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸润评估常用的工具 什么是免疫浸润细胞? 肿瘤浸润淋巴细胞(英语:Tumor-infiltrating lymphocytes,缩写T 阅读全文
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配色真的太重要了,配得好就是高雅大气,配不好就是东施乡村非主流。 好的配色都是靠经验的积累,不断地试错。 新手最保险的就是用RColorBrewer包,里面的有很多种配色,比较和谐。 library(RColorBrewer) myColors <- brewer.pal(8,"Set2") R中可 阅读全文
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偶然看到别人的NC的Supplementary Information做得非常规整,美观大气又简介,于是想模仿一下。 案例:Supplementary Figures and Tables - NC 写thesis时才发现,这个是题注做出来的,word - references - insert c 阅读全文
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2023年08月22日 热图只显示指定的基因,这个只有ComplexHeatmap能做到,但这个包是真的很复杂!!! 参考:https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/more-examples.html#visualize-ce 阅读全文
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目前已经算是入门级选手了,接下来可以考虑进阶一点。 训练一定要循序渐进,切不可盲目求快。 总结一下第一次HK100的“成功”经验吧! 身体精神状态极好,大东山被拉爆恢复后的渴望,鬼手30km意犹未尽,再加上信仰和各种buff加成,我才成功了。 可行性分析:50km肯定没问题,那还不如走100km,有 阅读全文
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搞生物医学的,肯定要先从结构和功能搞起,再深入分子机制的研究,这个研究的逻辑顺序是不可能被颠倒的。 现在在参与一个人类大脑类器官的项目【神经系统疾病】,自然要深入大脑发育中了。 这个疾病影响的是一个叫RTN的region,控制了孩童病人的呼吸。 先从零开始科普一下大脑的结构和功能: 大脑的分类有很多 阅读全文
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2022年07月19日 R4.1安装ggpubr出现了问题,要用conda先装一个nlopt # conda install -c conda-forge nlopt # conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) install.pa 阅读全文
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生物信息里面有几种典型的network: PPI,就是蛋白互做的网络,直接可以从STRING数据库下载; TF correlation network,就是根据转录组的数据来构建相关性; TF target network,SCENIC等就是做这个的; 自己构思有点难,那就开启写轮眼开始模仿吧。 这 阅读全文
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考:肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点,恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快,有无止境性生长之说,易向周围组织扩散,容易发生转移,如不及时发现,诊断和治疗,常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢,可以多年不变,肿瘤周围都有 阅读全文