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2023年01月28日 Moreover, genomics often cannot distinguish “passenger” mutations from “drivers” that promote tumorigenesis and might be therapeutic targe 阅读全文
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除了刚接触10x的那会儿，还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。 正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据，需要自己做一步bcl2fastq。 后面大家都觉得这一步太麻烦了，没必要，所以大部分测序商也就自己做了。 这也是对的，生信分析的起点是fastq，不应该是bcl，数据保存的最原始格式也应该 阅读全文
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有的包在升级后函数和API就完全变了，甚至删除了一切原来的功能函数，这导致后面分析数据非常的畸形。 但没办法，接下了这样的项目，含着泪也得做出点东西出来，于是我就想同时把两个包装上。 python是肯定不行的，网上有一些教程，但都不能正常工作。 于是曲线救国，那我就把包下载到本地，然后用sublim 阅读全文
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transcription factor perturbation gene-sets 目的比较直接：我有个DEG基因集，我想要知道那个TF最有可能调控这个基因集。 Transcription factor perturbation gene ontology analysis (EnrichR) 阅读全文
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2023年08月28日 从我第一次接触motif分析开始，就意识到motif数据库的不完善，那么多的已知的TF，有较为明确motif的却不到一半，已知的部分质量也不高。 而motif其实至关重要，它是Protein与DNA互作的pattern和证据，蛋白与DNA的互作也决定了基因的转录，染色质的表观 阅读全文
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目前对peak的数据处理上，发现测序深度对peak的数量有很大影响，即使做了normalization也没办法，所以这里希望从原始的bam文件开始做downsampling。 参考一：Downsample BAM file to specific amount of reads input_dir= 阅读全文
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2024年09月09日 Diffbind其实功能非常强大，我还在探索。可以极速分析成图，也可以精细的个性化定制。工程化做得非常好，代码都被封装起来了，看不到源码。 dba.plotProfile，这个核心的Heatmap成图就很厉害。 今天，我花了快一个多小时来探索，如何自定义Heatmap的颜色， 阅读全文
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常在河边走，哪能不湿鞋。 作为生信工作者，尤其是计算生物学，遇到BUG真的是不能太常见，能否顺利DEBUG是此行业工作者的基本功。 Mac MacMini M1芯片则有些包装不了，在osx-64上的包，无法在osx-arm64上安装。 注意：千万不要在M1的Mac上装M1的conda！！！【直接装x 阅读全文
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2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools，因为R可以用jupyter notebook，代码和结果方便撰写和保存。 但是，最近被怼了，质疑了我的peak calling，一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了，有6万个左右，我觉得这个比较正常 阅读全文
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一般在传输过程中中断，fastq就会truncate，但仍然可以用zless或者zcat打开查看。 真到万不得已的时候还是要截取可以利用的部分，然后用bbmap修复一下。 bbmap repair.sh -Xmx14g in1=1.fq.gz in2=2.fq.gz out1=1_1.fq.gz o 阅读全文
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10x是最成功的单细胞公司，目前最成功的商业平台，已经有很多成熟的单细胞产品线，不管是新手还是进阶的高手都在玩他们平台产生的数据。 这里试图对10x的核心技术和数据来做一个剖析，试图理解其核心原理，加速数据分析进程，辅助科研发现。 我目前玩过的10x数据： scRNA-seq (antibody h 阅读全文
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这个要严谨一点，众所周知，小鼠是小写，人是大写，以前为了方便都是直接一个toupper函数完成转换，但这样做实在是太粗糙了，大概有三分之一的基因会丢失。 我简单统计了一下： 人鼠同源的有23242个基因注释，其中有7695个基因是无法简单对应的，所以你之前的分析会漏掉很多基因。 建议使用ensemb 阅读全文
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2023年04月24日 参考：decoupleR：丰富你的通路富集分析结果 2022年12月28日 没想到碰到了一个神器：PROGENy。可以给常见的14种signaling pathway活性打分。 参考：看着14个肿瘤相关通路活性就够了 buik RNA-seq: http://localhos 阅读全文
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搜索历史文件真的是最基本的需求，听说everything是个好东西，但Mac平台自带的splotlight search已经足够好用，直达文件。 Linux我则不太会搜索，find命令有点复杂，最近无意搜索Linux平台是否有类似everything的工具，还真发现了一个非常活跃的fzf工具，非常好 阅读全文
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好久没有继续我的学习/写作/科普大业了，这个positive feedback loop是非常powerful的。 这一期的主题，Apc - Wnt - CRC 这也是我今后的研究主题。 先抛出问题： Wnt pathway的组成成分有哪些，都控制了哪些重要的细胞功能？ 正常情况下，Apc是如何与W 阅读全文
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2023年11月22日 居然到今天才开始了解10x多组学建库的原理，开始尝到这个技术的甜头了，有很多问题只有这个技术能够回答，比如表观的plasticity。 这里的多组学其实是multi-modal，即一个细胞同时测scRNA-seq和scATAC-seq，而不是单独测然后integarte，它们 阅读全文
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2023年02月06日 太nb了，今天居然才发现这个神器轮子，想法其实很简单，从各个格式里提取三个矩阵（count matrix，col anno， row anno），然后创建新的对象，自己也可以做，但人家封装好了，你只需要载入包，一行命令即可完成转换。h5ad格式很小，而且可以跟cellxgen 阅读全文
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大型Cancer数据库 TCGA ICGC 目前已知的oncogene 什么是oncogene？跟其在癌症中的表达量无关，而是作用，主动去激发cancer的gene才算，这些基因正常情况下都是有自己作用的（proto-oncogene），被mutated/over-expressed之后才变为onc 阅读全文
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英语真的不太行，阅读和写作没问题，听力和口语则严重拉胯。 表现在科研presentation上，则是汇报讲述时，水平一流；一旦被提问，则变成哑巴；最糟糕的，一旦聊起生活，更像个弱智，最简单的日常用语都不会表达。 我最终的目的： 日常能与人顺利交谈； 能做到接近完美的学术汇报； Native spea 阅读全文
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2022 - CMGH - A Proximal-to-Distal Survey of Healthy Adult Human Small Intestine and Colon Epithelium by Single-Cell Transcriptomics 2018 - GB - Cell 阅读全文