摘要:
2023年08月28日 从我第一次接触motif分析开始,就意识到motif数据库的不完善,那么多的已知的TF,有较为明确motif的却不到一半,已知的部分质量也不高。 而motif其实至关重要,它是Protein与DNA互作的pattern和证据,蛋白与DNA的互作也决定了基因的转录,染色质的表观 阅读全文
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目前对peak的数据处理上,发现测序深度对peak的数量有很大影响,即使做了normalization也没办法,所以这里希望从原始的bam文件开始做downsampling。 参考一:Downsample BAM file to specific amount of reads input_dir= 阅读全文
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核心可视化: https://content.cruk.cam.ac.uk/bioinformatics/software/DiffBind/plotProfileDemo.html 2023年02月20日 没想到已经两个月整了,感觉项目丝毫没有任何进展,不知道自己每天都在干什么! 目前我对表观的数 阅读全文
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常在河边走,哪能不湿鞋。 作为生信工作者,尤其是计算生物学,遇到BUG真的是不能太常见,能否顺利DEBUG是此行业工作者的基本功。 Mac MacMini M1芯片则有些包装不了,在osx-64上的包,无法在osx-arm64上安装。 注意:千万不要在M1的Mac上装M1的conda!!!【直接装x 阅读全文
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2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools,因为R可以用jupyter notebook,代码和结果方便撰写和保存。 但是,最近被怼了,质疑了我的peak calling,一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了,有6万个左右,我觉得这个比较正常 阅读全文
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一般在传输过程中中断,fastq就会truncate,但仍然可以用zless或者zcat打开查看。 真到万不得已的时候还是要截取可以利用的部分,然后用bbmap修复一下。 bbmap repair.sh -Xmx14g in1=1.fq.gz in2=2.fq.gz out1=1_1.fq.gz o 阅读全文
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10x是最成功的单细胞公司,目前最成功的商业平台,已经有很多成熟的单细胞产品线,不管是新手还是进阶的高手都在玩他们平台产生的数据。 这里试图对10x的核心技术和数据来做一个剖析,试图理解其核心原理,加速数据分析进程,辅助科研发现。 我目前玩过的10x数据: scRNA-seq (antibody h 阅读全文
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这个要严谨一点,众所周知,小鼠是小写,人是大写,以前为了方便都是直接一个toupper函数完成转换,但这样做实在是太粗糙了,大概有三分之一的基因会丢失。 我简单统计了一下: 人鼠同源的有23242个基因注释,其中有7695个基因是无法简单对应的,所以你之前的分析会漏掉很多基因。 建议使用ensemb 阅读全文
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2023年04月24日 参考:decoupleR:丰富你的通路富集分析结果 2022年12月28日 没想到碰到了一个神器:PROGENy。可以给常见的14种signaling pathway活性打分。 参考:看着14个肿瘤相关通路活性就够了 buik RNA-seq: http://localhos 阅读全文
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搜索历史文件真的是最基本的需求,听说everything是个好东西,但Mac平台自带的splotlight search已经足够好用,直达文件。 Linux我则不太会搜索,find命令有点复杂,最近无意搜索Linux平台是否有类似everything的工具,还真发现了一个非常活跃的fzf工具,非常好 阅读全文
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好久没有继续我的学习/写作/科普大业了,这个positive feedback loop是非常powerful的。 这一期的主题,Apc - Wnt - CRC 这也是我今后的研究主题。 先抛出问题: Wnt pathway的组成成分有哪些,都控制了哪些重要的细胞功能? 正常情况下,Apc是如何与W 阅读全文
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2023年11月22日 居然到今天才开始了解10x多组学建库的原理,开始尝到这个技术的甜头了,有很多问题只有这个技术能够回答,比如表观的plasticity。 这里的多组学其实是multi-modal,即一个细胞同时测scRNA-seq和scATAC-seq,而不是单独测然后integarte,它们 阅读全文
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2023年02月06日 太nb了,今天居然才发现这个神器轮子,想法其实很简单,从各个格式里提取三个矩阵(count matrix,col anno, row anno),然后创建新的对象,自己也可以做,但人家封装好了,你只需要载入包,一行命令即可完成转换。h5ad格式很小,而且可以跟cellxgen 阅读全文
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大型Cancer数据库 TCGA ICGC 目前已知的oncogene 什么是oncogene?跟其在癌症中的表达量无关,而是作用,主动去激发cancer的gene才算,这些基因正常情况下都是有自己作用的(proto-oncogene),被mutated/over-expressed之后才变为onc 阅读全文
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英语真的不太行,阅读和写作没问题,听力和口语则严重拉胯。 表现在科研presentation上,则是汇报讲述时,水平一流;一旦被提问,则变成哑巴;最糟糕的,一旦聊起生活,更像个弱智,最简单的日常用语都不会表达。 我最终的目的: 日常能与人顺利交谈; 能做到接近完美的学术汇报; Native spea 阅读全文
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2022 - CMGH - A Proximal-to-Distal Survey of Healthy Adult Human Small Intestine and Colon Epithelium by Single-Cell Transcriptomics 2018 - GB - Cell 阅读全文
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最近听了一下华大王崇志老师讲多组学分析【科技君-BGITech】,印象很深刻,很多方法论的东西觉得很有意思,没有吃透,这里再花时间好好整理一下。 华大人思想还是很深刻的,但做研究就容易过于肤浅,还是需要好好设计实验,产生好的数据才能做好分析。 为什么要搞多组学?大一统的野心 为什么生物医学大家都在玩 阅读全文
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2022年12月15日 需要快速检测某文章cut&run的antibody的特异性,要下载SRA的raw data,看比对率。 如何下载SRA数据,快速,高效? 找到数据的SRA链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA589292,选择进入Ru 阅读全文
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2023年02月09日 Note:要在包里加入新的data,就必须同名,在R里的名字要和文件名一模一样,否则会报错。(Error: 'mouse.house.keeping.gene' is not an exported object from 'namespace:bt2m') 2023年01月 阅读全文
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因为没有在这一行真正干过,所以一些基本概念还不是很明确,这里作一个梳理。 看本领域的遗传学综述有感:The Emerging Genetic Landscape of Hirschsprung Disease and Its Potential Clinical Applications 问题: 什 阅读全文