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摘要: 1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组 重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC含量以及对应的GC分布,重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的 k值 ,根据“测序X数推导说明.pd 阅读全文
posted @ 2016-06-12 15:05 Life·Intelligence 阅读(21496) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 名词解释 De novo :拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接、组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱。 重测序概念 :重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并 阅读全文
posted @ 2016-06-12 14:23 Life·Intelligence 阅读(24538) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 原文链接: "Large Genome Assembly with PacBio Long Reads" 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: 1. PacBio only de novo 组装 。long insert l 阅读全文
posted @ 2016-06-12 13:17 Life·Intelligence 阅读(5828) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 如何使用graph tool模块,如何导入?如何使用graph,使用其算法? 如何使用Boost Graph库,安装,测试? 1 创建和操纵图 如何创建空图? 如何精准的创建有向图和无向图? 如何切换有向和无向? 如何查询图的有向和无向属性? 如何通过一个已有的图创建新图? 如何添加顶点? 如何创建 阅读全文
posted @ 2016-06-09 23:19 Life·Intelligence 阅读(949) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ``` ! /usr/bin/env python coding: utf 8 graph_tool a general graph manipulation python module Copyright (C) 2006 2016 Tiago de Paula Peixoto This prog 阅读全文
posted @ 2016-06-08 21:34 Life·Intelligence 阅读(895) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: gt文件格式 gt文件格式是一种简单的二进制格式,用来存储graph tool的图实例,以一个紧凑和快速的方式,包括了库支持所有类型的属性映射。 它是graphml格式(基于文本)的另一种选择,graphml用来处理非常大的图时,其 I / O 可能变得非常耗费时间和空间。 这里我们详细描述了gt的 阅读全文
posted @ 2016-06-07 22:57 Life·Intelligence 阅读(2158) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 目录: 图的过滤 图视图 组合图视图 名词解释: filter:过滤 mask:屏蔽 inverted parameter:倒参数 overhead:开销 minimum spanning tree:最小生成树 betweenness centrality: GraphView:一个类 regula 阅读全文
posted @ 2016-06-07 22:04 Life·Intelligence 阅读(925) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 目录: 属性映射 内部属性映射 图的I/O 构建一个 Price网络(例) 名词解释: Property maps:属性映射 PropertyMap:一个类 scalar value types:标量值类型 pickle module: scale free graph: 属性映射 属性映射是一种将 阅读全文
posted @ 2016-06-07 20:49 Life·Intelligence 阅读(1572) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 目录: 快速开始使用graph tool 创建和操纵图 遍历顶点和边 遍历 所有 顶点或边 遍历一个顶点的 neighbourhood 名词解释: instante:实例 directed :有向;undirected:无向 on the fly:动态 property maps:属性映射 vert 阅读全文
posted @ 2016-06-07 16:17 Life·Intelligence 阅读(3905) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: graph tool is a Python module for manipulation and statistical analysis of graphs[disambiguation needed] (a.k.a. networks). graph tool是一个操作和统计分析图表的Pyt 阅读全文
posted @ 2016-06-06 21:49 Life·Intelligence 阅读(1211) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Markdown入门 为什么要使用Markdown? "Markdown" 是一种可以使用普通文本编辑器编写的标记语言,通过类似HTML的标记语法,它可以使普通文本内容具有一定的格式。 Markdown的语法简洁明了、学习容易,而且功能比纯文本更强,因此有很多人用它写博客。世界上最流行的博客平台Wo 阅读全文
posted @ 2015-07-16 13:47 Life·Intelligence 阅读(259) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 利用Github和Hexo搭建独立的个人博客 基础篇 摘要:本文主要参考了 "使用hexo和Github上创建自己的博客" 、 "如何搭建一个独立博客——简明Github Pages与Hexo教程" 和 "使用GitHub和Hexo搭建免费静态Blog" ,梳理了主要的逻辑,并作了一些补充。 "使用 阅读全文
posted @ 2015-07-15 20:04 Life·Intelligence 阅读(655) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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