Life·Intelligence

2016年6月21日

摘要：整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB： James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Win 阅读全文

posted @ 2016-06-21 14:17 Life·Intelligence 阅读(90344) 评论(0) 推荐(2) 编辑

SAM格式及比对工具之 samtools 使用方法

摘要：参考资料: SAMtools（官网） SAM Spec v1.4 （SAM格式说明书）（重要） samtools-1.3.1 使用手册（SAMtools软件说明书） samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义（博耘生物） samtools使用方法（plob）这个学习急不来，而且比对非常重要，先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`... 阅读全文

posted @ 2016-06-21 13:47 Life·Intelligence 阅读(9817) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月20日

比对工具之 BWA 使用方法

摘要： BWA算法简介： BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装： BWA使用步骤：具体命令：核心命令及其参数注意：我们暂时还没有使用到对比对结果有影响的参数，目前所有的参数都是固定的。参考资料： BWA官方网站 NGS生物信息分析 V4.2 Manual Referen 阅读全文

posted @ 2016-06-20 18:59 Life·Intelligence 阅读(20200) 评论(0) 推荐(0) 编辑

项目一：使用二代测序数据进行基因组组装（局部组装）

摘要：项目数据： kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz （100X）（19G） kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz （100X）（20G） Y255_PCRfree_.TCCGC_L005_R 阅读全文

posted @ 2016-06-20 18:39 Life·Intelligence 阅读(5977) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux 打包和压缩方法详解

摘要：一般基因组的数据都非常大，所以都会打包压缩后进行传输，拿到数据后的第一步必然就是要解包和解压缩。基本常识首先要弄清两个概念：打包和压缩。打包是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件；压缩则是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。 Linux中很多压缩程序只能针对一个阅读全文

posted @ 2016-06-20 13:10 Life·Intelligence 阅读(636) 评论(0) 推荐(0) 编辑

python学习笔记

摘要：廖雪峰python教程如何直接运行py程序？ python 中 print（）函数的设置细节？ python如何从键盘输入数据? 如何将notepad++中的Tab设置为4个空格? 设置 => 首选项 =>制表符设置怎么设置强行不转义? python中变量赋值的结果? 字符编码的基本知识? 如何阅读全文

posted @ 2016-06-20 01:30 Life·Intelligence 阅读(519) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月18日

第四章 Python外壳：代码结构

摘要： Python的独特语法：不使用分号结束语句，而是回车；通过代码缩进来区分代码块； if、while、for等，都不用括号，但不能没有冒号（：）。如何将一行命令分为多行？ 4.1 条件语句和循环语句如何使用if、elif和else进行比较？如何连接条件表达式？ python中没有！、&& 和阅读全文

posted @ 2016-06-18 15:30 Life·Intelligence 阅读(648) 评论(0) 推荐(0) 编辑

第二章 Python基本元素：数字、字符串和变量

摘要： Python有哪些内置的数据类型： True False #布尔型 42 100000000 #整型 3.14159 1.0e8 #浮点型 abcdes #字符串 2.1 变量、名字和对象 python中统一的形式是什么？对象，所有的对象都是以对象的形式存在。如何知道一个对象的类型？ type（）语... 阅读全文

posted @ 2016-06-18 00:39 Life·Intelligence 阅读(379) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月17日

The Daligner Overlap Library

posted @ 2016-06-17 10:28 Life·Intelligence 阅读(487) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月16日

第三章 Python容器：列表、元组、字典与集合

摘要：数据结构的分类依据？基本的“数组”在python中是列表，数据结构的作用？容器，盛放数据，是由原子组成的分子。可以将一群数据进行整合、拆分、重排。 3.2 列表列表是啥？顺序表，可以同时存放任意类型数据，可变。如何创建列表？3种方式，[ ]，list（）、列表推导。额外阅读：Python 列阅读全文

posted @ 2016-06-16 23:54 Life·Intelligence 阅读(2319) 评论(0) 推荐(0) 编辑

基因组组装算法

摘要：目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ）和 String Graph（Falcon）。相关文献基于De Bruijn图的宏基因组序列组装算法研究（CNKI）对基因组组装算法的分析和研究（CNKI）基于De Br... 阅读全文

posted @ 2016-06-16 10:38 Life·Intelligence 阅读(22659) 评论(0) 推荐(4) 编辑

Linux里设置环境变量的方法（export PATH）

摘要： 1.动态库路径的设置 Linux下调用动态库和windows不一样.linux 可执行程序是靠配置文件去读取路径的,因此有些时候需要设置路径具体操作如下 export LD_LIBRARY_PATH=/home/.....(动态库的目录) 不过这种设置方法只是在当前的session中有效你可以修阅读全文

posted @ 2016-06-16 09:48 Life·Intelligence 阅读(181409) 评论(0) 推荐(4) 编辑

Linux安装多个Python版本

摘要：服务器上的Python版本太老了，需要安装一个新的Python版本，才能跑我的代码。因为环境的需要，但是又不能卸载老的版本，所以安装一个新的，使用软链来进行升级。使用系统自带的yum，apt-get之类的软件那肯定是没办法安装了，需要重源码编译安装。下载Python源码从http://www. 阅读全文

posted @ 2016-06-16 09:03 Life·Intelligence 阅读(2669) 评论(0) 推荐(1) 编辑

perl中->和=>作用

摘要： -> 用法 -> 有两种用法，都和解引用有关。第一种用法，就是解引用。根据 -> 后面跟的符号的不同，解不同类型的引用， ->[] 表示解数组引用，->{} 表示解散列引用，->() 表示解子程序引用。例子： $arr_ref = /@array; $arr_ref->[0] 访问数组 @ar 阅读全文

posted @ 2016-06-16 01:32 Life·Intelligence 阅读(3941) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月15日

基因组 de novo 组装原理

摘要： Falcon软件的组装流程几个解释： sub-reads是啥？为什么要进行错误校正？校正的原理是什么？length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思，为什么要设置这两个参数？ sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads，方便软件处理；因为第三阅读全文

posted @ 2016-06-15 23:40 Life·Intelligence 阅读(2144) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016-6-15-de novo文献阅读

摘要：准备读四篇denovo的文献： 1. Nature Biotechnology(2015) "Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM 1) provides a resource for fiber imp 阅读全文

posted @ 2016-06-15 15:16 Life·Intelligence 阅读(738) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月12日

基因组组装流程

摘要： 1. 前期准备背景信息： GC含量和 GC分布基因组重复程度基因组大小估计杂合情况最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息，尤其是GC含量以及对应的GC分布，重复程度。 2. 测序策略根据基因组大小和具体情况选择个大概的 k值，根据“测序X数推导说明.pd 阅读全文

posted @ 2016-06-12 15:05 Life·Intelligence 阅读(21436) 评论(0) 推荐(2) 编辑

De novo 测序基础知识

摘要：名词解释 De novo ：拉丁文，从头开始的意思，de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序，然后将测得的序列进行拼接、组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。重测序概念：重测序是全基因组重新测序的简称，是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并阅读全文

posted @ 2016-06-12 14:23 Life·Intelligence 阅读(24066) 评论(0) 推荐(2) 编辑

PacBio长reads的大基因组组装

摘要：原文链接： "Large Genome Assembly with PacBio Long Reads" 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。你可以用几种不同的方法: 1. PacBio only de novo 组装。long insert l 阅读全文

posted @ 2016-06-12 13:17 Life·Intelligence 阅读(5812) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年6月9日

graph-tool 练习

摘要：如何使用graph tool模块，如何导入？如何使用graph，使用其算法？如何使用Boost Graph库，安装，测试？ 1 创建和操纵图如何创建空图？如何精准的创建有向图和无向图？如何切换有向和无向？如何查询图的有向和无向属性？如何通过一个已有的图创建新图？如何添加顶点？如何创建阅读全文

posted @ 2016-06-09 23:19 Life·Intelligence 阅读(940) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Digital-LI