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基因组组装 （四倍体陆地棉基因组 - 南农&诺禾 – Illumina2000 – PE100 – 245X - SOAPdenovo组装 – 17w BAC - 遗传图谱）Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. 阅读全文
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perl语言的核心是正则表达式，在文本处理上非常有优势，与python类似，但语法不同，perl的语法很灵活，用多了才会觉得好用。 常用知识点总结： perl语法类似于C语言（perl源于Unix），语句由逗号划分，代码层次使用花括号{}划分，但是不必声明变量类型； 标量变量（$name），数组（@ 阅读全文
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SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的de novo草图。 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads，新的版本减少了在图创建时的内存消耗，解决了contig组装时的重复区域的问题，增加了scaffold组装时的覆盖度和长 阅读全文
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Long-read sequence assembly of the gorilla genome http://science.sciencemag.org/content/352/6281/aae0344 Insights into hominid evolution from the gori 阅读全文
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整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB： James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Win 阅读全文
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参考资料: SAMtools（官网） SAM Spec v1.4 （SAM格式 说明书） （重要） samtools-1.3.1 使用手册 （SAMtools软件说明书） samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义（博耘生物） samtools使用方法（plob） 这个学习急不来，而且比对非常重要，先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`... 阅读全文
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BWA算法简介： BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装： BWA使用步骤： 具体命令： 核心命令及其参数 注意：我们暂时还没有使用到对比对结果有影响的参数，目前所有的参数都是固定的。 参考资料： BWA官方网站 NGS生物信息分析 V4.2 Manual Referen 阅读全文
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项目数据： kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz （100X）（19G） kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz （100X）（20G） Y255_PCRfree_.TCCGC_L005_R 阅读全文
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一般基因组的数据都非常大，所以都会 打包 压缩 后进行传输，拿到数据后的第一步必然就是要 解包 和 解压缩。 基本常识 首先要弄清两个概念：打包 和 压缩。 打包 是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件； 压缩 则是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。 Linux中很多压缩程序只能针对一个 阅读全文
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廖雪峰python教程 如何直接运行py程序？ python 中 print（）函数的设置细节？ python如何从键盘输入数据? 如何将notepad++中的Tab设置为4个空格? 设置 => 首选项 =>制表符设置 怎么设置强行不转义? python中变量赋值的结果? 字符编码的基本知识? 如何 阅读全文
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Python的独特语法： 不使用分号结束语句，而是回车； 通过代码缩进来区分代码块； if、while、for等，都不用括号，但不能没有冒号（：）。 如何将一行命令分为多行？ 4.1 条件语句和循环语句 如何使用if、elif和else进行比较？ 如何连接条件表达式？ python中没有！、&& 和 阅读全文
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Python有哪些内置的数据类型： True False #布尔型 42 100000000 #整型 3.14159 1.0e8 #浮点型 abcdes #字符串 2.1 变量、名字和对象 python中统一的形式是什么？ 对象，所有的对象都是以对象的形式存在。 如何知道一个对象的类型？ type（）语... 阅读全文
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/************************************************************************************\ * * * Copyright (c) 2014, Dr. Eugene W. Myers (EWM). All rights 阅读全文
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数据结构的分类依据？基本的“数组”在python中是列表， 数据结构的作用？容器，盛放数据，是由原子组成的分子。可以将一群数据进行整合、拆分、重排。 3.2 列表 列表是啥？顺序表，可以同时存放任意类型数据，可变。 如何创建列表？3种方式，[ ]，list（）、列表推导。 额外阅读：Python 列 阅读全文
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目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ） 和 String Graph（Falcon）。 相关文献 基于De Bruijn图的宏基因组序列组装算法研究（CNKI） 对基因组组装算法的分析和研究（CNKI） 基于De Br... 阅读全文
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1.动态库路径的设置 Linux下调用动态库和windows不一样.linux 可执行程序是靠配置文件去读取路径的,因此有些时候需要设置路径 具体操作如下 export LD_LIBRARY_PATH=/home/.....(动态库的目录) 不过这种设置方法只是在当前的session中有效 你可以修 阅读全文
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服务器上的Python版本太老了，需要安装一个新的Python版本，才能跑我的代码。因为环境的需要，但是又不能卸载老的版本，所以安装一个新的，使用软链来进行升级。 使用系统自带的yum，apt-get之类的软件那肯定是没办法安装了，需要重源码编译安装。 下载Python源码 从http://www. 阅读全文
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-> 用法 -> 有两种用法，都和解引用有关。 第一种用法，就是解引用。 根据 -> 后面跟的符号的不同，解不同类型的引用， ->[] 表示解数组引用，->{} 表示解散列引用，->() 表示解子程序引用。 例子： $arr_ref = /@array; $arr_ref->[0] 访问数组 @ar 阅读全文
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Falcon软件的组装流程 几个解释： sub-reads是啥？为什么要进行错误校正？校正的原理是什么？length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思，为什么要设置这两个参数？ sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads，方便软件处理； 因为第三 阅读全文
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准备读四篇denovo的文献： 1. Nature Biotechnology(2015) "Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM 1) provides a resource for fiber imp 阅读全文