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主页：github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合，我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度，它有一些后台代码是使用C来实现的，为了方便一些简单的前端是用Python编写的。 Falcon不是一... 阅读全文
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原文链接： http://blog.csdn.net/MoreWindows/article/category/859207 1.冒泡排序 核心思路： 双重循环 外层是进行多少轮，一轮冒泡只能排好一个数，所以有n轮；（这是最好的理解方式） 内层是单次冒泡，冒泡的核心是逐个，相邻元素两两比较，如此，一 阅读全文
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转自：八大排序算法 - CSDN 概述 排序有内部排序和外部排序，内部排序是数据记录在内存中进行排序，而外部排序是因排序的数据很大，一次不能容纳全部的排序记录，在排序过程中需要访问外存。 我们这里说说八大排序就是内部排序。 当n较大，则应采用时间复杂度为O(nlog2n)的排序方法：快速排序、堆排序或归并排序序。 快速排序：是目前基于比较的内部排序中... 阅读全文
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来自：Poll的笔记 - 博客园 链接：http://www.cnblogs.com/maybe2030/p/4715035.html 阅读目录 1、顺序查找 2、二分查找 3、插值查找 4、斐波那契查找 5、树表查找 6、分块查找 7、哈希查找 查找是在大量的信息中寻找一个特定的信息元素，在计算机应用中，查找是常用的基本运算，例如编... 阅读全文
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转自：samtools常用命令详解 samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的... 阅读全文
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链接：Canu Parameter Reference To get the most up-to-date options, run canu -options The default values below will vary based on the input data type and genome size.(根据输入数据类型和基因组大小决定默认参数) Global ... 阅读全文
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链接：Canu Tutorial Canu assembles reads from PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION instruments into uniquely-assemblable contigs, unitigs. Canu owes lots of it design and code to celera-assembler. ... 阅读全文
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链接：Canu FAQ Q: What resources does Canu require for a bacterial genome assembly（细菌基因组组装）? A mammalian（哺乳类） assembly? A: Canu is designed to scale resources（自动测量系统硬件资源） to the system it r... 阅读全文
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参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN50是第一指标，即contig/ scaffoldN50：将contig/scaffold长度从长到短进行排序并累加，当累加和达到contig/scaffold总长度的50%的时候，最后参与加和的那一条... 阅读全文
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Canu Quick Start Canu Quick Start PBcR (老版的canu) CA Canu specializes in（专门从事） assembling PacBio or Oxford Nanopre sequences. Canu will correct the reads, then trim suspicious regions（修剪可疑... 阅读全文
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Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies 文章链接：专业版“ PacBio 遇到 BioNano“ （三代测序那些事儿 第十二期） 前两天发表在Nature Mehtods一篇联合PacBio与BioNano数据组装人类基因组的文章在行业里引起... 阅读全文
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课程链接：生物信息学: 导论与方法 1 导论与历史 1.1 1-1 什么是生物信息学 1.2 1-2 生物信息学历史 1.3 1-3 中国大陆的生物信息学 2 序列比对 2.1 2-1 序列比对中的基本概念 2.2 2-2 利用动态规划进行全局比对 2.3 2-3 从全局比对到局部比对 2.4 2-4 考虑仿... 阅读全文
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开始最好是去大公司，趁年轻多学点技术。 贝瑞和康招聘 - 生物信息工程师 生物信息软件工程师 - 博奥生物集团有限公司 医学检测生物信息工程师[只招应.. 生物信息工程师-北京 安诺优达基因科技（北京）有限公司 生物信息研发工程师-ctDNA方向 北京百迈客生物科技有限公司 高级生物信息研发工程师 阅读全文
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课程链接：与MySQL的零距离接触 环境配置： windows下安装mysql Download MySQL Installer for windows 课程目录 第1章 初涉MySQL 1-1 MySQL概述 (01:54) 1-2 MySQL的安装与配置 (15:13) 1-3 启动与停止MyS 阅读全文
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课程链接：Python开发简单爬虫 环境搭建： Eclipse+PyDev配置搭建Python开发环境 Python入门基础教程 用Eclipse编写Python程序 课程目录 第1章 课程介绍 1-1 课程介绍 (02:41) 第2章 爬虫简介以及爬虫的技术价值 2-1 爬虫是什么 (01:10) 2-2 爬虫技术的价值 (01:23) 第... 阅读全文
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Linux命令大全 Linux入门教程 W3School 百度文库 知乎 百度网盘搜搜 万网 Coursera 慕课网 网易公开课 学习资源 机器学习-Andrew Ng 生物信息学-北大 统计学-可汗学院 Algorithms 红宝书 数据结构-邓俊辉 C++&DS-慕课 生信-陈连福 生信数据库 阅读全文
摘要：
今天给大家介绍一下one class classification以及用SVDD（support vector domain description）做one class classification。最近接触了一下one class classification，挺有意思的，和多类classifi 阅读全文
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此书网上有英文电子版：Machine Learning with R - Second Edition [eBook].pdf（附带源码） 评价本书：入门级的好书，介绍了多种机器学习方法，全部用R相关的包实现，案例十分详实，理论与实例结合。 目录 第一章 机器学习简介 第二章 数据的管理和理解 第三 阅读全文
摘要：
遍历python语法 2.基本元素：数字、字符串和变量 2.1 python有哪些基本类型？ 布尔型（True, False），整型（42,100000），浮点型（3.14159,1.0e8），字符串型（"string"） 2.2 python中所有的数据都是以对象的形式存在。 对象就是数据实体，变量就是名字。对象有类型之分，基本的就以上几种，对象还分... 阅读全文