Life·Intelligence

2016年12月13日

摘要： Oracle Grid Engine 作业调度系统的简介（目前为止我用过PBS和SGE） SGE作业调度系统学习笔记 SGE作业调度 USE of Sun Grid Engine（SGE）待续~ 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:59 Life·Intelligence 阅读(3715) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要：值得学习的专利： METHODS OF TREATING CANCER - Amit, Ido (Rehovot, IL) 问题：如何查询某类专利？生物医学哪些工作可以申请专利？国内和国外的专利申请有什么异同？查询专利文献请登录国家知识产权局政府网站，网址：http://www.cnipa. 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:24 Life·Intelligence 阅读(315) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Hacker Technology

摘要：扒一扒「黑客军团」中用到的黑客工具黑客 (Hacker) - 知乎 nmap - 百科 NMAP - 官网中文翻译 Havij sqlmap 熊猫烧香懒人在思考零基础如何学习 Web 安全？ freebuf 阅读全文

posted @ 2016-12-13 13:51 Life·Intelligence 阅读(256) 评论(0) 推荐(0) 编辑

shell中for循环

摘要： shell中for循环总结最常用的就是遍历操作某一类文件，比如批量建索引。注意：for末尾不需要冒号（：），循环的代码块是由do和done来，反引号用来捕获输出，记住shell创建变量时不用\$，而使用变量时则需要加\$。阅读全文

posted @ 2016-12-13 13:29 Life·Intelligence 阅读(747) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月12日

NumPy（Numeric Python）使用方法

摘要： NumPy官网参考：《Python数据分析基础教程：NumPy学习指南》用Python做科学计算（好东西） NumPy是python的核心库，是python机器学习编程的最底层的库，不能不会。 Scipy 和 Scikit 老是傻傻分不清，其实很明显 Scipy 前面是Sci是num的继承，而kit则是工具箱，是做机器学习的，全称Scikit-learn。 NumPy的详细教程 ... 阅读全文

posted @ 2016-12-12 23:15 Life·Intelligence 阅读(2041) 评论(0) 推荐(0) 编辑

AlphaGo实现原理

摘要： AlphaGo已经打败了李世石9段，如果你也懂它背后的原理，或许某一天你也可以开发出一款AI来打败dota或者LOL的世界冠军。 Mastering the game of Go with deep neural networks and tree search - Nature（中文翻译） Alp 阅读全文

posted @ 2016-12-12 14:51 Life·Intelligence 阅读(960) 评论(0) 推荐(0) 编辑

最牛B的编码套路（转）

摘要：转自：http://blog.csdn.net/happydeer/article/details/17023229 最近，我大量阅读了Steve Yegge的文章。其中有一篇叫“Practicing Programming”（练习编程），写成于2005年，读后令我惊讶不已：与你所相信的恰恰相反，单纯地每天埋头于工作并不能算是真正意义上的锻炼——参加会议并不能锻炼你的人际交往能力；回... 阅读全文

posted @ 2016-12-12 12:35 Life·Intelligence 阅读(251) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月9日

Sublime Text 3使用技巧 | server

摘要： sublime部分取代linux vi编辑器。在vi里写代码非常不方便，尤其是定位、复制、粘贴，以及打开多个文档。现在用sublime直接以sFTP连接到server，即可像编辑本地文件一样方便。我选择了sublime的sFTP插件 https://codexns.io/products/sf 阅读全文

posted @ 2016-12-09 19:49 Life·Intelligence 阅读(415) 评论(0) 推荐(0) 编辑

K-均值聚类及其在生物信息中的应用

摘要：如果一点基础没有最好先拿起一本教材开始学，《机器学习实战》还不错，P93，书上有python源码和练习数据，非常适合新手。 k均值聚类名词：簇；相似度算法伪代码创建K个点作为起始质心当任意一个点的簇分配结果发生变化时：对数据集中的每个点：对每个质心：计算质心到数据点之间的距离将数据点分配到距离其最近的簇 ... 阅读全文

posted @ 2016-12-09 18:03 Life·Intelligence 阅读(777) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月8日

PacBio软件总览 - 初级分析

摘要： PacBio® RS Software Overview PacBio运行的整个流程是什么？每一步都用到了什么软件？ PacBio软件套件 RS Remote：Design runs remotely，Can assign multiple SMRT® Cells per well with different movie times RS Touch：Loading a ... 阅读全文

posted @ 2016-12-08 16:19 Life·Intelligence 阅读(988) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux下数据库的安装和使用

摘要：数据库有多重要就不用说了，每一个计算机相关行业的人都必须要学会基本的数据库操作，因为你总会用到的。之前转过一些学习资源：与MySQL的零距离接触 - 慕课网 Python操作MySQL数据库生物信息学学者学习mysql之路最近的资料： Linux下mysql 5.6.17安装图文教程详细版 Basics of databases and MySQL D... 阅读全文

posted @ 2016-12-08 11:42 Life·Intelligence 阅读(362) 评论(0) 推荐(0) 编辑

测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）

摘要：总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只讲二代） Assembly of large genomes using second-generation sequencing（参考文献） Identification of op... 阅读全文

posted @ 2016-12-08 10:57 Life·Intelligence 阅读(16377) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月7日

TensorFlow Playground

摘要： A Neural Network Playground Understanding neural networks with TensorFlow Playground 机器之心翻译阅读全文

posted @ 2016-12-07 11:40 Life·Intelligence 阅读(668) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月6日

tensorflow安装

摘要：在Linux上各种尝试各种失败，因为没有Linux权限，没法通过yum、apt等工具自动更新系统的底层环境（主要是glibc），而自己手动安装往往十分繁琐。 Windows上安装就比较简单了，但是一定要注意：目前只支持python3.5的64bit版本，有了python后，pip安装numpy后，就可以pip安装tensorflow了，亲测可用。网上有比较好的入门教程了：莫烦 tenso... 阅读全文

posted @ 2016-12-06 23:56 Life·Intelligence 阅读(333) 评论(0) 推荐(0) 编辑

决策树原理、Scikit-learn实现及其在生物信息中的应用

摘要：之前转过一篇文章：2016年GitHub排名前20的Python机器学习开源项目(转)，说明现在已经有了很多很好的机器学习的包，我们不必从底层开始实现，只要懂点算法、会看文档，一般人也能玩好机器学习。随着生信领域的数据量越来越多，我们得到知识的途径必然会发生变化，慢慢地我们将不再使用固定呆板的模型，而是使用灵活的机器学习方法从海量数据中提取出知识。现在我准备开一系列的机器学习算法原理及py... 阅读全文

posted @ 2016-12-06 11:07 Life·Intelligence 阅读(971) 评论(0) 推荐(0) 编辑

测序原理 - PacBio技术资料

摘要：手头有一套完整的PacBio技术资料，会慢慢的总结到博客上。写在前面：PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS，一个是最新的Sequel，下面如果没有指明则是在讲RS平台。 SMRT测序技术总览（SMRT® Sequencing Technology Overview）首先必须对下面几个东西形成概念： 1.SMRT Cell：纳米制造的，不可回收的消耗品，每个 cell 里有 1M... 阅读全文

posted @ 2016-12-06 09:33 Life·Intelligence 阅读(6001) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年11月30日

第一章统计学习方法概论

摘要：这本书确实很好，一直都没有坚持学下去，真是可惜，现在每天打卡，学习一章，并做下学习笔记。已经有人做过类似的笔记了：统计学习笔记（1）——统计学习方法概论那我就不用求全，只需要总结框架，并把难懂的知识点重点理解。第一章讲的基本是理论统计学习：数据、建模、预测，全称统计机器学习；包括监督学习、无阅读全文

posted @ 2016-11-30 14:36 Life·Intelligence 阅读(405) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年11月29日

实战中的贝叶斯

摘要：贝叶斯，人人都学过一点，大部分人都以为自己懂了，不就是一个条件概率公式吗，其实还真没那么简单，想完全学通弄透还是要花点力气的下面的都是你必须弄懂的：怎么用常识解释贝叶斯公式？什么是先验，什么是后验，它们在贝叶斯公式中如何体现，如何解释贝叶斯定理中的每一项？贝叶斯学派的核心思想，它与其他派的区别？贝叶斯的优势与不足？最大似然、贝叶斯和最大后验的区别与联系？ ... 阅读全文

posted @ 2016-11-29 10:51 Life·Intelligence 阅读(916) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年11月28日

2016年GitHub排名前20的Python机器学习开源项目(转)

摘要：当今时代，开源是创新和技术快速发展的核心。本文来自 KDnuggets 的年度盘点，介绍了 2016 年排名前 20 的 Python 机器学习开源项目，在介绍的同时也会做一些有趣的分析以及谈一谈它们的发展趋势。和去年一样，KDnuggets 介绍了 GitHub 上最新的并且排名前 20 的 Python 机器学习开源项目。令人吃惊的是，去年一些最活跃的项目已经停滞不前了，也有一些项目跌出... 阅读全文

posted @ 2016-11-28 17:38 Life·Intelligence 阅读(659) 评论(0) 推荐(0) 编辑

部署一个简单的生信分析流程

摘要：在生信公司里，有相当一部分人都是负责编写流程和维护流程。流程pipeline，就是让用户（前端）在填写配置文件后能够一键运行的脚本，最终自动得出结果，并生成报告，有的公司还会将结果上传。自动化pipeline必须具备的功能：读取配置文件，生成相应的待执行的脚本按照先后逻辑关系依次向集群投递任务能将大任务分割成小的任务，并行执行，缩短项目周期必须使... 阅读全文

posted @ 2016-11-28 16:03 Life·Intelligence 阅读(5395) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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