Life·Intelligence

2016年12月15日

Linux & MacOS | Git | Github | 版本控制 | 多人协作

摘要： 2022年08月22日今年开始开发自己的R包了，iterbi，需要频繁用到GitHub。我最常用的函数也都试图封装到iterbi里了，方便自己今后调用。 MacOS就用desktop版本的github，更新非常方便。 Linux就比较麻烦，最近GitHub改了安全验证方法，只能用token了，需阅读全文

posted @ 2016-12-15 15:38 Life·Intelligence 阅读(628) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

摘要：想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件： 1-生物信息学：导论与方法北大\10 生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工... 阅读全文

posted @ 2016-12-15 10:14 Life·Intelligence 阅读(5966) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月14日

如何浏览并管理 Outlook 邮件？

摘要：当你的邮件多起来的时候你就不得不考虑这个问题了，如何处理各种邮件？如何浏览并管理 Outlook 邮件？待续~ 阅读全文

posted @ 2016-12-14 11:26 Life·Intelligence 阅读(347) 评论(0) 推荐(0) 编辑

多版本Python管理及Python连接MySQL

摘要： Python有个非常别扭的地方，就是两个不兼容的版本，很尴尬，有的包只能在低版本的2.7上才能运行，比如即将用到的MySQLdb。所以首先必须在系统上安装两个版本的Python（貌似在pycharm可以轻松实现，但我电脑带不动）： windows下多个python版本共存（X） Windows下Python多版本共存（好）没那么复杂，直接把2和3都装上，导入环境变量（现在安装后会自动导... 阅读全文

posted @ 2016-12-14 10:19 Life·Intelligence 阅读(545) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月13日

Sun Grid Engine (SGE)大型集群作业调度系统

摘要： Oracle Grid Engine 作业调度系统的简介（目前为止我用过PBS和SGE） SGE作业调度系统学习笔记 SGE作业调度 USE of Sun Grid Engine（SGE）待续~ 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:59 Life·Intelligence 阅读(3784) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生物医学专利申请 | US Patent

摘要：值得学习的专利： METHODS OF TREATING CANCER - Amit, Ido (Rehovot, IL) 问题：如何查询某类专利？生物医学哪些工作可以申请专利？国内和国外的专利申请有什么异同？查询专利文献请登录国家知识产权局政府网站，网址：http://www.cnipa. 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:24 Life·Intelligence 阅读(323) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Hacker Technology

摘要：扒一扒「黑客军团」中用到的黑客工具黑客 (Hacker) - 知乎 nmap - 百科 NMAP - 官网中文翻译 Havij sqlmap 熊猫烧香懒人在思考零基础如何学习 Web 安全？ freebuf 阅读全文

posted @ 2016-12-13 13:51 Life·Intelligence 阅读(257) 评论(0) 推荐(0) 编辑

shell中for循环

摘要： shell中for循环总结最常用的就是遍历操作某一类文件，比如批量建索引。注意：for末尾不需要冒号（：），循环的代码块是由do和done来，反引号用来捕获输出，记住shell创建变量时不用\$，而使用变量时则需要加\$。阅读全文

posted @ 2016-12-13 13:29 Life·Intelligence 阅读(748) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月12日

NumPy（Numeric Python）使用方法

摘要： NumPy官网参考：《Python数据分析基础教程：NumPy学习指南》用Python做科学计算（好东西） NumPy是python的核心库，是python机器学习编程的最底层的库，不能不会。 Scipy 和 Scikit 老是傻傻分不清，其实很明显 Scipy 前面是Sci是num的继承，而kit则是工具箱，是做机器学习的，全称Scikit-learn。 NumPy的详细教程 ... 阅读全文

posted @ 2016-12-12 23:15 Life·Intelligence 阅读(2045) 评论(0) 推荐(0) 编辑

AlphaGo实现原理

摘要： AlphaGo已经打败了李世石9段，如果你也懂它背后的原理，或许某一天你也可以开发出一款AI来打败dota或者LOL的世界冠军。 Mastering the game of Go with deep neural networks and tree search - Nature（中文翻译） Alp 阅读全文

posted @ 2016-12-12 14:51 Life·Intelligence 阅读(966) 评论(0) 推荐(0) 编辑

最牛B的编码套路（转）

摘要：转自：http://blog.csdn.net/happydeer/article/details/17023229 最近，我大量阅读了Steve Yegge的文章。其中有一篇叫“Practicing Programming”（练习编程），写成于2005年，读后令我惊讶不已：与你所相信的恰恰相反，单纯地每天埋头于工作并不能算是真正意义上的锻炼——参加会议并不能锻炼你的人际交往能力；回... 阅读全文

posted @ 2016-12-12 12:35 Life·Intelligence 阅读(254) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月9日

Sublime Text 3使用技巧 | server

摘要： sublime部分取代linux vi编辑器。在vi里写代码非常不方便，尤其是定位、复制、粘贴，以及打开多个文档。现在用sublime直接以sFTP连接到server，即可像编辑本地文件一样方便。我选择了sublime的sFTP插件 https://codexns.io/products/sf 阅读全文

posted @ 2016-12-09 19:49 Life·Intelligence 阅读(418) 评论(0) 推荐(0) 编辑

K-均值聚类及其在生物信息中的应用

摘要：如果一点基础没有最好先拿起一本教材开始学，《机器学习实战》还不错，P93，书上有python源码和练习数据，非常适合新手。 k均值聚类名词：簇；相似度算法伪代码创建K个点作为起始质心当任意一个点的簇分配结果发生变化时：对数据集中的每个点：对每个质心：计算质心到数据点之间的距离将数据点分配到距离其最近的簇 ... 阅读全文

posted @ 2016-12-09 18:03 Life·Intelligence 阅读(784) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月8日

PacBio软件总览 - 初级分析

摘要： PacBio® RS Software Overview PacBio运行的整个流程是什么？每一步都用到了什么软件？ PacBio软件套件 RS Remote：Design runs remotely，Can assign multiple SMRT® Cells per well with different movie times RS Touch：Loading a ... 阅读全文

posted @ 2016-12-08 16:19 Life·Intelligence 阅读(991) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux下数据库的安装和使用

摘要：数据库有多重要就不用说了，每一个计算机相关行业的人都必须要学会基本的数据库操作，因为你总会用到的。之前转过一些学习资源：与MySQL的零距离接触 - 慕课网 Python操作MySQL数据库生物信息学学者学习mysql之路最近的资料： Linux下mysql 5.6.17安装图文教程详细版 Basics of databases and MySQL D... 阅读全文

posted @ 2016-12-08 11:42 Life·Intelligence 阅读(363) 评论(0) 推荐(0) 编辑

测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）

摘要：总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只讲二代） Assembly of large genomes using second-generation sequencing（参考文献） Identification of op... 阅读全文

posted @ 2016-12-08 10:57 Life·Intelligence 阅读(16462) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月7日

TensorFlow Playground

摘要： A Neural Network Playground Understanding neural networks with TensorFlow Playground 机器之心翻译阅读全文

posted @ 2016-12-07 11:40 Life·Intelligence 阅读(670) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2016年12月6日

tensorflow安装

摘要：在Linux上各种尝试各种失败，因为没有Linux权限，没法通过yum、apt等工具自动更新系统的底层环境（主要是glibc），而自己手动安装往往十分繁琐。 Windows上安装就比较简单了，但是一定要注意：目前只支持python3.5的64bit版本，有了python后，pip安装numpy后，就可以pip安装tensorflow了，亲测可用。网上有比较好的入门教程了：莫烦 tenso... 阅读全文

posted @ 2016-12-06 23:56 Life·Intelligence 阅读(333) 评论(0) 推荐(0) 编辑

决策树原理、Scikit-learn实现及其在生物信息中的应用

摘要：之前转过一篇文章：2016年GitHub排名前20的Python机器学习开源项目(转)，说明现在已经有了很多很好的机器学习的包，我们不必从底层开始实现，只要懂点算法、会看文档，一般人也能玩好机器学习。随着生信领域的数据量越来越多，我们得到知识的途径必然会发生变化，慢慢地我们将不再使用固定呆板的模型，而是使用灵活的机器学习方法从海量数据中提取出知识。现在我准备开一系列的机器学习算法原理及py... 阅读全文

posted @ 2016-12-06 11:07 Life·Intelligence 阅读(979) 评论(0) 推荐(0) 编辑

测序原理 - PacBio技术资料

摘要：手头有一套完整的PacBio技术资料，会慢慢的总结到博客上。写在前面：PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS，一个是最新的Sequel，下面如果没有指明则是在讲RS平台。 SMRT测序技术总览（SMRT® Sequencing Technology Overview）首先必须对下面几个东西形成概念： 1.SMRT Cell：纳米制造的，不可回收的消耗品，每个 cell 里有 1M... 阅读全文

posted @ 2016-12-06 09:33 Life·Intelligence 阅读(6061) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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