摘要：
一直都没有找到生信领域简单易懂的机器学习案例，这回算是逮到一个了：机器学习识别cfDNA OpenGene/CfdnaPattern 阅读全文
摘要：
现在BWA大家基本上只用其mem算法了，无论是二代还是三代比对到参考基因组上，BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for ... 阅读全文
摘要：
技术是学不完的，什么技术都懂一点是没有意义的。 读书时你可以什么都学一点，了解各个方面，增加见识，但如果工作了你还这么搞，那我只能说你很快就会被淘汰。 无论是企业还是事业单位，都讲究一个产出，说大一点就是你创造的价值，而你在那闷着学习是创造不了价值的，只有去做才能。 所以，不管你在哪工作，你都得有目 阅读全文
摘要：
参考：KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道，那就是能通过它来做什么？ KEGG数据库里面有什么？ 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息，例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及... 阅读全文
摘要：
大学就看了一点维特根斯坦的书，对其生平有个简单的了解，我很喜欢这种人，对真理本质不懈的追求，不管世人的眼光。 我也意识到我是一个肤浅的人，什么都是浅尝辄止，只会简单的贴标签（界定问题的性质很重要，整体观）。 Anglo-american philosopher - 微盘 为了避免做个肤浅的人，先看看别人的著作吧，了解人家的思想内核。 先看看《维特根斯坦哲学之路 》 阅读全文
摘要：
42 - 语言学专栏 语言的局限（1）：从1984说起 语言的局限（2）：孤独 语言的局限（三）---宏大叙事与喜剧 都知道语言是人类的武器，语言显然的促进了思维，不仅促进了个体的智能，而且将整个人类连接成了一个整体，造就了现在人类的文明。 但语言同时也是禁锢，我们太依赖语言，我们通常无法突破语言的界限，只有偶尔几个天才（相对论的提出，想象是先于语言的）能突破人类的极限，达到至高的... 阅读全文
摘要：
自知自己的语言表达能力奇差： 一是性格原因，内向，不喜欢说太多话，不喜欢与人表达； 另外还是个性原因，以为一件事只要自己明白，就懒得说，其实你以为自己理解了，未必你就真的理解了，多向别人解释，你自然会发现自己思维上的漏洞。 语言表达能力 - 知乎 存了很多书，却都没有认真学习。 待续~ 阅读全文
摘要：
音乐赏析似乎是一件没有意义的工作，与电影相比音乐更加抽象，不同的人对同一首歌会有完全不同的解读。 但一首歌一旦成为经典，就有解读它的必要，因为它一定诉出了一个群体的某些情绪。 Karma police, arrest this man He talks in math He buzzes like a fridge He's like a detuned ra... 阅读全文
摘要：
转自：果子学生信 微信公众号 题目：结合本研究领域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白质（SWISSPROT）找出你感兴趣的基因或蛋白质，并找出其同源的基因或者蛋白，分析它们的进化历史 解答： 1.找出感兴趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.净化分析 如何获取感兴趣的基因（蛋白、miRNA、lncRNA等）：1.移植性研究，看文献，移花接木；2.原创性... 阅读全文
摘要：
转自：果子学生信 微信公众号 第一题：利用核酸和蛋白质数据库下载“Homo sapiens apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3A (APOBEC3A)”的核酸序列和蛋白质序列，在核酸水平上分析启动子序列，并进一步对蛋白质的结构进行同源建模 解答： 查询APOBEC3A的核酸和蛋白质... 阅读全文
摘要：
非常崇拜谷歌，一直以为里面就是程序员的天堂，里面的领导关系、同事之间的关系、工作自由度都是一流的，结果还是我的幻想，只能说只要有人的地方就不能免俗。 虽说下面的评论不一定全部属实，但也能管中窥豹一二。 有人的地方就有左中右 - 知乎 有人的地方，就会有政治 - 豆瓣 来源：腾讯科技 链接：http://tech.qq.com/a/20161213/032287.htm#p=1 ... 阅读全文
摘要：
我生信入门，老师就要求我学好blast比对，说得也确实是很有道理，是个人都知道比对是最基本的东西，现在再想想那老师的建议，也只能呵呵一笑。 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索，可以好好看看，快速入门。 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用 阅读全文
摘要：
常见几种排序的算法： 归并排序 归并排序也称合并排序，是分治法的典型应用。分治思想是将每个问题分解成个个小问题，将每个小问题解决，然后合并。 具体的归并排序就是，将一组无序数按n/2递归分解成只有一个元素的子项，一个元素就是已经排好序的了。然后将这些有序的子元素进行合并。 合并的过程就是 对 两个已经排好序的子序列，先选取两个子序列中最小的元素进行比较，选取两个元素中最小的那个子... 阅读全文
摘要：
BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章，搞清楚它内在的原理。 Proovread，这个工具绝对没有你想的那么简单，它引入了很多局部模型，而且在总体设计上也是很有眼光的。 原文：proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through ite... 阅读全文
摘要：
确实很好的一本书，如果想了解生信最底层的算法，此书必读。 另外，薛宇的一篇推荐本书的博文写的非常可爱搞笑，可以一读： [生信经典教材推荐]：生物序列分析 （精选博文） 第一章 绪论 第二章 双序列比对 第三章 Markov链与隐马尔科夫模型（HMM） 第四章 采用HMM的双序列比对 第五章 用于序列家族的列型HMM（Pfam） 第六章 多序列比对... 阅读全文
摘要：
An illustration of relationships between alignment methods. The applications / corresponding computational restrictions shown are (green) short pairwise alignment / detailed edit model; ... 阅读全文
摘要：
哈哈，看到了一篇我最感兴趣的领域的新闻报导，可以深挖里面的各种细节。 Quanta Magazine: Illuminating Science - 原文出处 卡内基·梅隆大学 - Tai Sing Lee 谷歌学术 大学官网（真牛逼，论文多，引用率高） Intelligence Advanced Research Projects Activity (IARPA) 高级智能研究计划... 阅读全文
摘要：
Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing 好好读读，算法系列的好文章！ Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing - NATUR... 阅读全文
摘要：
这么有意思的纪录片怎么能错过 待续~ 阅读全文
摘要：
DNA和核苷酸的快速比对软件包，基于suffix tree 数据结构，快速、图形化、模块可用于其他软件、可进行大基因组比对、多对多基因组比对。 The MUMmer Home Page The MUMmer 3 manual & examples mummer使用 - 文库 阅读全文