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2023年7月21日
CRISPR | CRISPR KO | CRISPRi | CRISPRa | 编辑结果检查 | 小工具
摘要： 2023年07月24日 你不可能真正成功，如果你不知道什么叫做失败！【做实验尤其如此】 接下来的两个week，我将开始疯狂的cloning各种工具，常见的CRISPR ko/i/a都要玩一遍。 克隆的大致流程是一样的，就是要设计不同gRNA，所用的Plasmid也是不一样的，lentivirus克隆 阅读全文
posted @ 2023-07-21 06:44 Life·Intelligence 阅读(312) 评论(0) 推荐(0) 编辑
DNA Assembly and Cloning | Gibson Assembly | Golden Gate Assembly
摘要： 问题很简单，我有一段目标oligos（常见的就是gRNA，shRNA），如何最高效精准的克隆到我的目标质粒Plasmid里。 1.最常规的ligation 2.之前的CRISRP KO gRNA用的是Golden Gate Assembly NEBridge® Golden Gate Assembl 阅读全文
posted @ 2023-07-21 06:34 Life·Intelligence 阅读(95) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Graphpad Prism作图 | 柱状图 | 折线图
摘要： 实验的图最好还是用传统的Graphpad Prism来做，这样整个style可以看着更专业一些。 非要用ggplot来做也可以，就是不那么美观。 最经典的qRT-PCR需要做成柱状图。 参考： /Users/zhixinli/Dropbox (Partners HealthCare)/Project 阅读全文
posted @ 2023-07-21 05:23 Life·Intelligence 阅读(235) 评论(0) 推荐(0) 编辑
流式细胞术做细胞周期分析 | Cell Cycle Analysis by Flow Cytometry
摘要： 属于几大functional assays中的一个： Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS 阅读全文
posted @ 2023-07-21 02:27 Life·Intelligence 阅读(175) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年7月16日
结直肠癌常识 | Colorectal cancer | CRC
摘要： 目录： 临床： 消化道的具体结构？小肠、大肠、结肠、直肠的概念？CRC的左侧和右侧的差别？ 什么是polyps、lesion、tumor、cancer，这之间的区别是什么？Nonneoplastic、Neoplastic；adenomas and serrated 什么是CRC，临床上如何界定？在各 阅读全文
posted @ 2023-07-16 11:40 Life·Intelligence 阅读(105) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年7月11日
dTAG蛋白降解系统
摘要： 非常火的一个由DFCI开发的药物系统，原理就是蛋白降解，在实验室里就在目标蛋白后面加一个尾巴，它会连接到泛素化降解系统，从而降解目标蛋白。 dragging a protein of interest (POI) to a E3 ligase for degradation like dTAGv1， 阅读全文
posted @ 2023-07-11 00:06 Life·Intelligence 阅读(574) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年7月6日
小鼠大小肠表皮细胞 | 单细胞测序
摘要： 2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro 阅读全文
posted @ 2023-07-06 03:53 Life·Intelligence 阅读(281) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年6月30日
汇总 | GSVA | 基因集变异分析 | 基因集通路打分
摘要： 前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 PercentageFeatureSet Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当 阅读全文
posted @ 2023-06-30 02:00 Life·Intelligence 阅读(1778) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年6月28日
Inducible shRNA | 可诱导的shRNA基因敲除技术 | lentivirus克隆 | JARID2
摘要： 2023年09月06日 比较一下CRISPR和shRNA，我还是喜欢可诱导的shRNA，主要原因就在于其可控性。 从常识就知道：在你敲除一个基因以后，细胞会随着时间发生一系列的动态变化的，如果基因十分重要，那么最终细胞会死亡，抑或达到一种稳态。 目前我们实验室还没有可诱导的CRISPR质粒，所以在L 阅读全文
posted @ 2023-06-28 04:51 Life·Intelligence 阅读(546) 评论(0) 推荐(0) 编辑
PCR Genotyping | 利用PCR来确定基因型 | Sanger sequencing | T7E1 | TIDE | NGS
摘要： 2023年07月18日 用primer跑完PCR后，发现agarose gel有2-3个非特异性条带，于是切胶，用另一个protocol来提取gel里面的DNA。 最后一步失误地加入了PCR那一步的mixed primers（F+R），导致样本全废，只能从过滤膜里继续提取DNA了，5min提取出了3 阅读全文
posted @ 2023-06-28 02:03 Life·Intelligence 阅读(526) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年6月24日
Western blotting | WB | 失败原因 | 成功要素 | 经验分享 | WB显色方法
摘要： 2023年10月22日 WB很少用定量分析，因为系统误差都能达到10-30%，所以band的差异需要非常明显才行。 那如果你的蛋白含量非常微弱怎么办？ 单独incubate primary antibody，直到能看到清晰条带，不要跟GAPDH混在一起； 提升上样量，提升抗体浓度，增加抗体孵化时间， 阅读全文
posted @ 2023-06-24 02:30 Life·Intelligence 阅读(800) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年6月20日
ggplot2 Manhattan Plots | ggmanh | ggplot画曼哈顿图
摘要： 2023年11月08日 用TCGA的数据做了一个genome-wide的GSEA分析 Guide to ggmanh Package library(ggmanh) library(SeqArray) 只需要把gene转化为chr和position即可 hg38.anno <- read.csv(" 阅读全文
posted @ 2023-06-20 03:28 Life·Intelligence 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
引物设计 | Primer design
摘要： 2023年10月06日 准备做JARID2的reporter和dTAG，需要引物来确定产物。 找到stop codon view - DNA - get DNA （-350，+350） https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3 阅读全文
posted @ 2023-06-20 01:31 Life·Intelligence 阅读(285) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年6月6日
RT-qPCR protocol | RNA定量
摘要： 参考前篇：PCR | qPCR | RT-PCR 的原理及应用 | tidyqpcr 数据分析 There is no difference a Ct means cycle threshold, Cq quantification cycle. Ct and Cq are the same. Bu 阅读全文
posted @ 2023-06-06 02:44 Life·Intelligence 阅读(191) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年6月1日
Antibody | 抗体选择及购买 | IHC | WB | ChIP
摘要： JARID2有三个主要的isoform，NB的可以检测出三个，特异性不够。 于是我又花了300刀订购了一个新的特异性的antibody，JARID2 (D6M9X) Rabbit mAb #13594。 A novel form of JARID2 is required for different 阅读全文
posted @ 2023-06-01 02:49 Life·Intelligence 阅读(199) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年4月26日
CellOracle | in silico gene perturbation | 新旧世代的交替
摘要： 目的：对我们的单细胞多组学数据作此分析，看那个de-diff的TF的敲除能够逆转分化方向。 科研永远是追新者的天堂，不解释。 tutorial：Tutorial - Read the Docs https://github.com/morris-lab/CellOracle Dissecting c 阅读全文
posted @ 2023-04-26 23:24 Life·Intelligence 阅读(418) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年4月19日
使用cistrome BETA整合ChIPseq和RNAseq
摘要： 代码参考：/home/zz950/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/GSEA_BETA_integration 写在前面： 在获得同一个样本多种测序数据后，一个自然的目标就是整合，general的问题就是：表观是如何影响转录的？ 基本的数据种类： TF bindin 阅读全文
posted @ 2023-04-19 23:20 Life·Intelligence 阅读(290) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年3月14日
ChIP-seq | ATAC-seq | Bulk | 新手指南 | 重复的处理
摘要： 2023年05月17日 cut&run call出了太多的peak，大概6w个，但TF的丰度不如Histone mark，所以这些peak的质量是会被人质疑的。虽然我是把replicate合在一起call的，理论上的peak是更靠谱的，但到IGV里可视化时效果就没那么好了，除非你把bigwig文件合 阅读全文
posted @ 2023-03-14 15:04 Life·Intelligence 阅读(1625) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年2月24日
Cancer实验系列之一 | 开篇 | Molecular cloning | 分子克隆
摘要： 2023年08月03日 昨天正式宣告我的克隆成功，提取出来的质粒浓度最高可达15000，最低也有2000，而且已经经过Sanger测序的确认。 核心点就是：1. 磷酸化的oligos不要稀释；2. digested的Plasmid需要500ng； 其他的按部就班就行，非常简答。 2023年07月28 阅读全文
posted @ 2023-02-24 04:00 Life·Intelligence 阅读(226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2023年2月3日
基因表达调控 | 实验技术
摘要： 以中心法则为基础，操纵基因的表达，从而达到机制的探索和药物的开发。 目前手段非常之丰富 doxycycline inducible overexpression systems - 条件性基因过表达技术 参考： 针不戳！基因表达调控看完这篇就懂了 过表达都是相似的，敲除的方法却很多 科学家如何操纵基 阅读全文
posted @ 2023-02-03 07:30 Life·Intelligence 阅读(189) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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