摘要:
2023年07月18日 用primer跑完PCR后,发现agarose gel有2-3个非特异性条带,于是切胶,用另一个protocol来提取gel里面的DNA。 最后一步失误地加入了PCR那一步的mixed primers(F+R),导致样本全废,只能从过滤膜里继续提取DNA了,5min提取出了3 阅读全文
摘要:
2023年10月22日 WB很少用定量分析,因为系统误差都能达到10-30%,所以band的差异需要非常明显才行。 那如果你的蛋白含量非常微弱怎么办? 单独incubate primary antibody,直到能看到清晰条带,不要跟GAPDH混在一起; 提升上样量,提升抗体浓度,增加抗体孵化时间, 阅读全文
摘要:
2023年11月08日 用TCGA的数据做了一个genome-wide的GSEA分析 Guide to ggmanh Package library(ggmanh) library(SeqArray) 只需要把gene转化为chr和position即可 hg38.anno <- read.csv(" 阅读全文
摘要:
2023年10月06日 准备做JARID2的reporter和dTAG,需要引物来确定产物。 找到stop codon view - DNA - get DNA (-350,+350) https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3 阅读全文
摘要:
参考前篇:PCR | qPCR | RT-PCR 的原理及应用 | tidyqpcr 数据分析 There is no difference a Ct means cycle threshold, Cq quantification cycle. Ct and Cq are the same. Bu 阅读全文
摘要:
JARID2有三个主要的isoform,NB的可以检测出三个,特异性不够。 于是我又花了300刀订购了一个新的特异性的antibody,JARID2 (D6M9X) Rabbit mAb #13594。 A novel form of JARID2 is required for different 阅读全文
摘要:
目的:对我们的单细胞多组学数据作此分析,看那个de-diff的TF的敲除能够逆转分化方向。 科研永远是追新者的天堂,不解释。 tutorial:Tutorial - Read the Docs https://github.com/morris-lab/CellOracle Dissecting c 阅读全文
摘要:
代码参考:/home/zz950/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/GSEA_BETA_integration 写在前面: 在获得同一个样本多种测序数据后,一个自然的目标就是整合,general的问题就是:表观是如何影响转录的? 基本的数据种类: TF bindin 阅读全文
摘要:
2023年05月17日 cut&run call出了太多的peak,大概6w个,但TF的丰度不如Histone mark,所以这些peak的质量是会被人质疑的。虽然我是把replicate合在一起call的,理论上的peak是更靠谱的,但到IGV里可视化时效果就没那么好了,除非你把bigwig文件合 阅读全文
摘要:
2023年08月03日 昨天正式宣告我的克隆成功,提取出来的质粒浓度最高可达15000,最低也有2000,而且已经经过Sanger测序的确认。 核心点就是:1. 磷酸化的oligos不要稀释;2. digested的Plasmid需要500ng; 其他的按部就班就行,非常简答。 2023年07月28 阅读全文
摘要:
以中心法则为基础,操纵基因的表达,从而达到机制的探索和药物的开发。 目前手段非常之丰富 doxycycline inducible overexpression systems - 条件性基因过表达技术 参考: 针不戳!基因表达调控看完这篇就懂了 过表达都是相似的,敲除的方法却很多 科学家如何操纵基 阅读全文
摘要:
以前一直没有条件,曾一度想自己买个显卡搞DL,但没有时间,也没有支持,最后就不了了之了。 无论是NGS的genetics,还是NGS的single-cell,DL都是大有可为的,最近出现的chatgpt更是确信了这一点。 未来Deep learning将会成为生信的标准工具,这是大势所趋,不可阻挡。 阅读全文
摘要:
在我申请之前(6-8月),合作就已经开始了,估计是2022年1月,Cliff(Shirley组)在开发MIRA,已经到投稿阶段,而Nialy也已经在测序multi-omics了,就差人分析了。 multi-omics看似就是多了个ATAC-seq,但复杂度最少比单纯的RNA-seq多了5倍,Alle 阅读全文
摘要:
2023年01月12日 注意:要用conda进入r4p3进行开发。 发现了pkgdown可能更适配R包,而readthedocs则适合shell和Python。 用pkgdown来开发R包的网站,非常方便。 https://pkgdown.r-lib.org/ 用pkgdown为R程序包建立网站 准 阅读全文
摘要:
2023年01月19日 如何下载mm10的MT的SNP数据? https://www.informatics.jax.org/snp - 这个没有mm10(GRCm38)的,只有GRCm39(mm39) Mouse Genomes Project: https://www.mousegenomes. 阅读全文
摘要:
We quantified this time dependent increase in basal-luminal mixing using entropy of cell-type probabilities, which robustly agrees with our per-sample 阅读全文
摘要:
2023年01月28日 Moreover, genomics often cannot distinguish “passenger” mutations from “drivers” that promote tumorigenesis and might be therapeutic targe 阅读全文
摘要:
除了刚接触10x的那会儿,还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。 正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据,需要自己做一步bcl2fastq。 后面大家都觉得这一步太麻烦了,没必要,所以大部分测序商也就自己做了。 这也是对的,生信分析的起点是fastq,不应该是bcl,数据保存的最原始格式也应该 阅读全文
摘要:
有的包在升级后函数和API就完全变了,甚至删除了一切原来的功能函数,这导致后面分析数据非常的畸形。 但没办法,接下了这样的项目,含着泪也得做出点东西出来,于是我就想同时把两个包装上。 python是肯定不行的,网上有一些教程,但都不能正常工作。 于是曲线救国,那我就把包下载到本地,然后用sublim 阅读全文
摘要:
transcription factor perturbation gene-sets 目的比较直接:我有个DEG基因集,我想要知道那个TF最有可能调控这个基因集。 Transcription factor perturbation gene ontology analysis (EnrichR) 阅读全文